| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,183,350 | 0 | A | . | 6.2% | 618.6 / 30.0 | 177 | intergenic (+27/+463) | zupT/ribB | zinc transporter/3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (92/74); new base . (7/4); total (99/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
ATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAA > NC_000913/3183202‑3183498 | tgaATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCAt > 1:519766/1‑149 (MQ=255) aTTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGa < 4:983735/149‑1 (MQ=255) aaTGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACaa < 1:1002390/149‑1 (MQ=255) 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4:1129513/1‑149 (MQ=255) acaacaTCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCACTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGa > 2:274526/1‑149 (MQ=255) caacaTCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGAc < 3:1295894/149‑1 (MQ=255) aacaTCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACa < 2:1483703/149‑1 (MQ=255) acaTCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACaa > 3:544918/1‑149 (MQ=255) acaTCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACaa < 2:107852/149‑1 (MQ=255) tCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATaa > 3:483387/1‑149 (MQ=255) cAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAAc > 2:868477/1‑149 (MQ=255) cAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAAc < 4:726571/149‑1 (MQ=255) aGAAGTTGTCCATGCGC‑TGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACg > 1:1500006/1‑149 (MQ=255) aaGTTGTCCATGTGC‑TGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGtt > 4:1049849/1‑149 (MQ=255) aaGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGtt < 3:993529/149‑1 (MQ=255) aaGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTATGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGtt < 2:540642/149‑1 (MQ=255) tttGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTGTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTCCCGAGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGTAACGCCCGACAATAACGTTTc < 4:1245976/148‑1 (MQ=255) gTTGTCCATGCGC‑TGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTc > 2:1333773/1‑149 (MQ=255) gTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAg > 4:917755/1‑106 (MQ=255) gTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAg < 3:917755/106‑1 (MQ=255) ttGTCCC‑TCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGTAAGCCTTATTCTACCGTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTCTTTAAGTATTTTTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGGTTCa > 4:424142/1‑149 (MQ=255) ttGTCCATGCGC‑TGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCa > 2:1452707/1‑149 (MQ=255) ttGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCa > 1:533119/1‑149 (MQ=255) tGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCaa < 1:679074/149‑1 (MQ=255) gTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCaaa < 1:544298/149‑1 (MQ=255) gTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCaaa > 4:985547/1‑149 (MQ=255) cA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGc < 3:241837/149‑1 (MQ=255) a‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGcc < 2:1424380/127‑1 (MQ=255) cgcATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAgg < 4:1468938/149‑1 (MQ=255) aTGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGaaa > 1:865447/1‑149 (MQ=255) | ATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAA > NC_000913/3183202‑3183498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |