| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,552,833 | T→C | 5.2% | intergenic (+13/‑68) | uxuA → / → uxuB | mannonate hydrolase/D‑mannonate oxidoreductase, NAD‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,552,833 | 0 | T | C | 5.2% | 569.7 / 13.4 | 171 | intergenic (+13/‑68) | uxuA/uxuB | mannonate hydrolase/D‑mannonate oxidoreductase, NAD‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (90/72); new base C (4/5); total (94/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
GGTCATCAGATGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCATTGTGCAT > NC_000913/4552692‑4552981 | gTCATCAGATGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTgcgc > 1:96056/1‑149 (MQ=255) tcatcaGATGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTgcgc‑g > 3:482935/1‑149 (MQ=255) tcaGATGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCg > 4:915107/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCCGGCACGGC‑GCGCAGCCATGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCTCTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCa > 2:1281481/2‑149 (MQ=255) aCCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCAt > 2:1350507/1‑149 (MQ=255) aCCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCAt > 2:1378327/1‑149 (MQ=255) aCCGGCACGGC‑GCGCAGCCATGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCAt > 1:1316262/1‑121 (MQ=255) aCCGGCACGGC‑GCGCAGCCATGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCAt > 1:596372/1‑149 (MQ=255) 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aTGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCATTGTGCa < 4:1029462/149‑1 (MQ=255) tGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCACCCGTCATgg > 4:1324785/1‑116 (MQ=255) | GGTCATCAGATGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCATTGTGCAT > NC_000913/4552692‑4552981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |