| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,875,521 | 0 | T | C | 22.6% | 159.1 / 14.3 | 84 | A28A (GCT→GCC) | yidX | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/27); new base C (18/1); total (56/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGAC‑ATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAA‑GTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACA‑CCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATA‑TTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCTTTACT > NC_000913/3875261‑3875795 | gtataagagacaggtaCAAAATTATATTGTGTTACTAAAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGAC‑ATGCGTCGGGCAGAAAACTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAA‑GTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATa < 3:342185/261‑1 (MQ=255) aTGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGAC‑ATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAA‑GTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAgg > 1:684485/1‑275 (MQ=255) tttagtaCAAACTATTATTGTTGTACTAAAAATTAGATCAAAAAAAGAACAATGAATAAAAAAATGAC‑ATGCGTCGAGCAGAAAACTGAAAAGGGAGATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTAAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAA‑GTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAggg < 3:501668/273‑1 (MQ=255) tttaggaCAAAATTATATTGTTTTACAACAATTTAGATCACAAAAAGAAAAATTAATAAAAAAAAGAC‑ATGCGACGGGCAAAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGTAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAA‑GTTGAATTTTAAGGGATGTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAggg < 3:212365/273‑1 (MQ=255) taCAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGAC‑ATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGCGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAA‑GTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCAGGTTTATTCTCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGtt > 3:661685/1‑275 (MQ=255) taCAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGAC‑ATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAA‑GTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTCGTTTCCCATACTGCAAAGGGTAGtt > 1:475832/1‑275 (MQ=255) taCAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGAC‑ATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAA‑GTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCACACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGtt > 2:462588/1‑275 (MQ=255) aCTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCGCAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGAC‑ATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAA‑GTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGTTCTCCCTTACAGCAAAGGTGAGTTCAGGa > 2:544660/1‑275 (MQ=255) aCTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGAC‑ATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAA‑GTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAATGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTAGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCCAATGTTAGTTCAGGa > 3:562405/1‑275 (MQ=255) aCTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGAC‑ATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAA‑GTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTGTGGTTTCCATTACCGCAAAGGTTACTTCAGGa > 1:514737/1‑275 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |