| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,987,104 | T→A | 5.3% | intergenic (+28/‑432) | yqeG → / → yqeH | putative transporter/putative LuxR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,987,104 | 0 | T | A | 5.3% | 325.9 / 7.2 | 95 | intergenic (+28/‑432) | yqeG/yqeH | putative transporter/putative LuxR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/44); new base A (3/2); total (49/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
TTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTT > NC_000913/2986957‑2987252 | ttCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTa > 2:563020/1‑149 (MQ=255) atcatGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑Caa > 3:89203/1‑149 (MQ=255) atcatGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑Caa > 4:176682/1‑149 (MQ=255) atcatGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑Caa > 3:187722/1‑149 (MQ=255) tcatGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAAt < 1:399122/149‑1 (MQ=255) tGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCTGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAAtttt < 1:681496/149‑1 (MQ=255) aCGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGAATGGTTCAAAATTG‑TAGCAATTTTGAAc < 2:630962/149‑1 (MQ=255) aCGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAAcc < 3:343445/149‑1 (MQ=255) cTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAAccatt < 2:61485/149‑1 (MQ=255) tCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAAccattcca < 4:353975/149‑1 (MQ=255) tATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTc < 3:372351/149‑1 (MQ=255) aTCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCa < 3:248777/149‑1 (MQ=255) aTCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCa < 1:61762/149‑1 (MQ=255) tctcATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCat > 1:136/1‑149 (MQ=255) tcATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCataa > 1:469112/1‑149 (MQ=255) cccGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATAtt > 3:74723/1‑149 (MQ=255) cGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCa > 1:99895/1‑149 (MQ=255) cgcTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCAttt < 2:243750/149‑1 (MQ=255) 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tGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTa < 2:516617/149‑1 (MQ=255) gTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGtatt > 4:478945/1‑149 (MQ=255) tGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGtatta < 1:66752/149‑1 (MQ=255) gggTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGtattat < 1:531651/149‑1 (MQ=255) gggTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGtattat < 2:136/149‑1 (MQ=255) gggTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGtattat > 4:425839/1‑149 (MQ=255) ggTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATc > 2:337295/1‑149 (MQ=255) gTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCa < 1:318432/149‑1 (MQ=255) aTCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCGGTTGTGG‑AGGTTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTGATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCTTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCagt > 2:697580/1‑149 (MQ=255) tCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTA‑CAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCagtt < 1:37972/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |