| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,888,030 | Δ1 bp | 6.1% | intergenic (‑39/+31) | rnd ← / ← fadD | ribonuclease D/acyl‑CoA synthetase (long‑chain‑fatty‑acid‑‑CoA ligase) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,888,030 | 0 | A | . | 6.1% | 220.3 / 7.6 | 66 | intergenic (‑39/+31) | rnd/fadD | ribonuclease D/acyl‑CoA synthetase (long‑chain‑fatty‑acid‑‑CoA ligase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/27); new base . (2/2); total (37/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
TGCGCGTACGAACAAATTCAGTATCCAGGGCTATCGCCGGAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTCCACCAGCTTCGGTACTTTGTA > NC_000913/1887886‑1888177 | tGCGCGTACGAACAAATTCAGTATCCAGGGCTATCGCCGGAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTaa < 1:301638/149‑1 (MQ=255) cgTACGAACAAATTCAGTATACAGGGCTATAGCCGGAAAGGCACGGACGGGTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCgg < 4:217408/149‑1 (MQ=255) aCAAATTCAGTATCCAGGGCTATCGCCGGAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTga > 4:527855/1‑149 (MQ=255) 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ttCAGTATCCAGGGCTATCGCCGGAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACgact < 3:261867/149‑1 (MQ=255) cAGTATCCAGGGCTATCGCCGGAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACgactga > 4:182895/1‑149 (MQ=255) aGGGCTATCGCCGGAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGc > 1:407085/1‑149 (MQ=255) ggCTATCCGCCGAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTc < 3:343308/149‑1 (MQ=255) tATCGCCGGAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAgg > 3:114836/1‑149 (MQ=255) ccGGAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTa < 3:161865/149‑1 (MQ=255) ggAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTgac > 3:351985/1‑123 (MQ=255) ggAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTgac < 4:351985/123‑1 (MQ=255) aaGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGGCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTTACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTc < 3:479306/149‑1 (MQ=255) gCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCAc > 2:98614/1‑149 (MQ=255) acggacggCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTATCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACtt > 2:228534/1‑149 (MQ=255) ttCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCcgcgcg > 2:125765/1‑149 (MQ=255) ttCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCcgcgc > 1:234093/1‑148 (MQ=255) ttCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCcgcgc < 2:234093/148‑1 (MQ=255) ttCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTC‑AAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCgcgcgc > 3:179345/1‑149 (MQ=255) acacaAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCtt > 3:437945/1‑149 (MQ=255) acacaAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCtt > 1:226459/1‑149 (MQ=255) acaAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCg > 3:554309/1‑149 (MQ=255) acaAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCg > 4:411710/1‑149 (MQ=255) acaAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCg > 4:364071/1‑149 (MQ=255) aaaGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTc > 3:162721/1‑149 (MQ=255) aaaGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTc < 3:411710/149‑1 (MQ=255) aaaGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTc > 3:254089/1‑149 (MQ=255) aaaGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTc > 3:19331/1‑149 (MQ=255) aagCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGt > 2:144363/1‑149 (MQ=255) gCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTaa < 3:100839/149‑1 (MQ=255) 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actCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGAtt > 1:272540/3‑149 (MQ=255) cAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCg < 4:496873/149‑1 (MQ=255) cAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCg < 4:544411/149‑1 (MQ=255) cAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCg < 1:372716/149‑1 (MQ=255) cAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCg < 2:407085/149‑1 (MQ=255) tctcTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACtcatc > 2:473714/1‑149 (MQ=255) ctctTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACtcatca < 3:137583/149‑1 (MQ=255) gTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑GCGGCGTCTGACGACTCACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATCCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTccacca < 2:325915/149‑1 (MQ=255) gTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTccacca < 3:364071/149‑1 (MQ=255) cAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTCCACCAGc < 1:125765/149‑1 (MQ=255) aaaaaaaaCGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGGTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTCCACCAGCt > 4:450682/1‑149 (MQ=255) agaCGCCGGTTAAT‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGa > 2:201318/3‑131 (MQ=255) agaCGCCGG‑TTAATCCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGa < 3:303669/129‑1 (MQ=255) agaCGCCGG‑TTAATCCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGa < 1:201318/129‑1 (MQ=255) agaCGCCGG‑TTAATCCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGa > 4:303669/3‑131 (MQ=255) gaCGCCGG‑TTAATCCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTCCACCAGCTTCGGTa > 2:96337/2‑149 (MQ=255) aCGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTCCACCAGCTTCGGTAc > 1:401840/1‑149 (MQ=255) ccGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTCCACCAGCTTCGGTACttt < 1:98614/149‑1 (MQ=255) cGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGGCTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAGAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTCCACCAGCTTCGGTACTTTg > 3:231518/1‑149 (MQ=255) ggATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTCCACCAGCTTCGGTACTTTGt > 4:304176/1‑149 (MQ=255) ggATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTCCACCAGCTTCGGTACTTTGt < 4:437945/149‑1 (MQ=255) gATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTCCACCAGCTTCGGTACTTTGTa > 2:519860/1‑149 (MQ=255) | TGCGCGTACGAACAAATTCAGTATCCAGGGCTATCGCCGGAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTCAAAAAAAACGCCGGATTAA‑CCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTCCACCAGCTTCGGTACTTTGTA > NC_000913/1887886‑1888177 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |