| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,757,961 | C→T | 5.6% | A214T (GCA→ACA) | yfjH ← | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,757,961 | 0 | C | T | 5.6% | 347.7 / 6.0 | 106 | A214T (GCA→ACA) | yfjH | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/48); new base T (3/3); total (55/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AATCCCATAGCGGTTCGATAAGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCA > NC_000913/2757814‑2758108 | aaTCCCATAGCGGTTCGATAAGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCa > 1:555255/1‑149 (MQ=255) tCCCATAGCGGTTCGATAAGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACt > 2:286498/1‑149 (MQ=255) ccATAGCGGTTCGATAAGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTcc > 1:472067/1‑149 (MQ=255) aTAGCGGTTCGATAAGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGc > 1:162180/1‑149 (MQ=255) aTAGCGGTTCGATAAGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGc > 2:321484/1‑149 (MQ=255) cGGTTCGATAAGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGa < 1:176216/149‑1 (MQ=255) gTTCGATAAGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACt > 4:60910/1‑149 (MQ=255) tctaTAAGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACCCTTCCTCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACGTc < 4:90020/146‑1 (MQ=255) cGATAAGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCt < 1:511926/149‑1 (MQ=255) aGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATaa < 2:91060/149‑1 (MQ=255) aGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATaa < 1:187357/149‑1 (MQ=255) aGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTAGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACACCGCCTGACTTCTGATaa < 2:38272/149‑1 (MQ=255) gTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑t > 2:421510/1‑149 (MQ=255) ttCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑tt > 2:438161/1‑149 (MQ=255) ttCATTAACTGCTACAACCTTATTTTT‑CACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑ttt > 4:358157/1‑149 (MQ=255) cATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑tttt < 3:241896/149‑1 (MQ=255) ttAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑tttttt > 3:285303/1‑149 (MQ=255) ttAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑tttttt < 2:428622/149‑1 (MQ=255) ttAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑tttttt > 1:99797/1‑149 (MQ=255) aaCTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑tttttttt < 1:183704/149‑1 (MQ=255) cAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACaa > 4:35904/1‑149 (MQ=255) aaCCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACaaa > 2:117182/1‑149 (MQ=255) cTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACag > 3:73427/1‑149 (MQ=255) 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aCCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCCTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAAc > 3:229726/1‑149 (MQ=255) cccATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAAcc < 4:388734/149‑1 (MQ=255) catcatTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCaa < 3:60910/149‑1 (MQ=255) catcatTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCaa < 1:35165/149‑1 (MQ=255) catcatTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCaa < 2:472067/149‑1 (MQ=255) 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acTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAAc > 4:470912/1‑149 (MQ=255) acTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAAc > 4:122858/1‑149 (MQ=255) acTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAAc > 4:137798/1‑149 (MQ=255) cTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCtt > 3:108066/1‑138 (MQ=255) cTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCtt < 4:108066/138‑1 (MQ=255) tCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGtt < 3:84727/149‑1 (MQ=255) gctttgctttTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGttttc > 1:569424/1‑149 (MQ=255) tgctttTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGttttcattt < 3:57865/149‑1 (MQ=255) ctttTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGttttcattttc < 1:21218/149‑1 (MQ=255) ttttGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGttttcattttca > 4:406513/1‑149 (MQ=255) aCCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGCCTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGa > 2:563616/1‑149 (MQ=255) aCCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCaaa > 2:387118/1‑93 (MQ=255) aCCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCaaa < 1:387118/93‑1 (MQ=255) aCCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGa < 1:417391/149‑1 (MQ=255) cccTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGAt < 1:302848/149‑1 (MQ=255) tcttTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGAt < 2:532280/149‑1 (MQ=255) tcttTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGAt < 2:189554/149‑1 (MQ=255) tttCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAGGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGAttt > 3:443623/1‑149 (MQ=255) tttCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGAttt > 4:219245/1‑149 (MQ=255) tttCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGAttt > 4:197661/1‑149 (MQ=255) tttCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGAttt > 1:471579/1‑149 (MQ=255) tttCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCACGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGAttt > 2:482538/1‑149 (MQ=255) tCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTc < 1:424546/149‑1 (MQ=255) | AATCCCATAGCGGTTCGATAAGTTCATTAACTGCTACAACCTTATTTTTCCACCCATCATTCGGAACAGAGTCATTAATTAGCTCAACCAACTTCAGTTGAATGATATGGTACACTTCCGCTTTGCTTTTGCCACCCTTCTTTCCTGCACTCCGCCTGACTTCTGATAA‑TTTTTTTTGATTACAAACAGAGATGTTAAACCAAGTCATACCTATGCACTTATCAAATAACTCCGCAGCCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCA > NC_000913/2757814‑2758108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |