| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,158,140 | A→T | 5.2% | K91I (AAA→ATA) ‡ | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,158,140 | 0 | A | T | 5.2% | 550.7 / 15.9 | 156 | K91I (AAA→ATA) ‡ | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (77/69); new base T (4/4); total (83/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.23e-02 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTAC‑CGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAG > NC_000913/1157871‑1158408 | gTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTCTGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACCTGCCACTGCTGTTTTCGATCGGTTTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGA‑TGGCCGACGTTTTTTCCTTTGCCATCATGGTTAAAAccc > 4:343852/1‑274 (MQ=255) aaGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGGTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCTCGAATTTCAGCTGGCTGCGCGCCGTTGTATGNCATGTTATGGCCGAAGCAGGCGGTCCCGCCTTTGCAAACTTTCAGCGGCTTGTTGCGATCGGTGTCGCCNCCGTGCTTCA‑CACTAAAGATGGCGCTACTGCGA‑CCGCCACAGTTGNTNCTTATTTGATCACGTTTACAAccctc > 3:52394/1‑270 (MQ=255) aaGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTCTCCGCCC‑TGCCCGCAGTTGTTTCCTATGCGATCCTGGTTAAAACCATgg > 4:490550/1‑274 (MQ=255) aaGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCAGCAATTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATg > 2:498202/1‑273 (MQ=255) tttGCAAACCGGCAAAAGGTCGGTAAACCGCTGTTGTGCCCGGGATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGTGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTgc < 4:360235/275‑1 (MQ=255) aCTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTg < 2:452271/274‑1 (MQ=255) gCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTTGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCgg > 2:323725/1‑275 (MQ=255) atttCGCAGGTTATCTGGTGTGCGTCGGTTCCGCGAATTTCATCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGAt < 1:105343/272‑1 (MQ=255) aTCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGACGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTCCTGACGAAATCGCCTCTAAACCCCTGGCggctcc > 4:165792/1‑271 (MQ=255) cGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATAGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGCTGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCCTGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCCTTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTCAACACCTGGCGGCTCCTg > 2:94230/1‑275 (MQ=255) tggcggtgggTCGGTTTCGCGAATTTCAGCTGGCGGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGTTTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCgg < 4:430257/266‑1 (MQ=255) ggCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCCTCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCCTTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACCCCTGGCGGATCCTGGCATCCCCGGGGGGAt > 4:259966/1‑275 (MQ=255) ggCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGAt > 2:81611/1‑275 (MQ=255) 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gTATCGCAAGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCa < 6:919766/148‑1 (MQ=255) ttctcgtGTTATTCCAGACGCCGGCTTTTNCGTTTTTGCCAACCTTCCCCTGTTTNTTTCGATCTGTGTCGCCCTCT‑GCTTTACCAATATCGTTGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCCGTTGTTGCCTATGTCATCATGNTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCGCTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGCTACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCt < 3:84684/269‑1 (MQ=255) tCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTTTAACCATga < 6:452582/148‑2 (MQ=255) tCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTa < 2:490551/275‑1 (MQ=255) tATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCTCTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTACACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTAC‑CGTAtt > 2:320084/1‑274 (MQ=255) tATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTAC‑CGTAtt > 2:343391/1‑274 (MQ=255) tGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTAC‑CGTATTAAg < 2:259967/275‑1 (MQ=255) 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atGGTTTAAACCAGTGCCGTGGTTGTGCCCCTGGGACTGCATTTACCTGCTGGAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGTCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGGGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTAC‑CGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCa < 4:503301/275‑1 (MQ=255) tGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCAATGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGt < 7:487953/137‑1 (MQ=255) tGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCAATGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGt > 8:487953/1‑137 (MQ=255) tGGTTAAAACCATGGCCGCGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTAC‑CGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAg > 2:220521/1‑275 (MQ=255) 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tAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATCCACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATCAt < 8:721712/99‑1 (MQ=255) aaaCCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGCAGAAATCGCCTCTaa < 8:597400/61‑1 (MQ=255) | GTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCG‑GCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGC‑TGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTAC‑CGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAG > NC_000913/1157871‑1158408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |