| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,304,474 | T→A | 7.3% | I214N (ATT→AAT) | oppC → | oligopeptide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,304,474 | 0 | T | A | 7.3% | 595.6 / 26.4 | 175 | I214N (ATT→AAT) | oppC | oligopeptide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/87); new base A (6/7); total (81/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGATGCCCTCGACCCGAAA > NC_000913/1304203‑1304733 | ttCCGTTTTCCTGGGCGGTAAAGTTGTTTCGGTAAGGATGCGTCTTCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGa < 1:131705/275‑1 (MQ=255) 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gTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGGATGTACTCGgtgt > 5:1018268/1‑62 (MQ=255) ttacgccagcGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTTGGCCGAATGTACTCGGTGTGGGGGTGGTCTTCTCGTCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGa < 1:134141/265‑1 (MQ=255) tCGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCt > 7:259855/1‑148 (MQ=255) cGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTa > 6:604546/1‑126 (MQ=255) cGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTa < 5:604546/126‑1 (MQ=255) aCATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTggg > 7:199890/1‑148 (MQ=255) cATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTg < 6:1043480/93‑1 (MQ=255) cATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTg > 5:1043480/1‑93 (MQ=255) gggCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCa > 6:729308/1‑148 (MQ=255) gCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCAtt > 5:985393/1‑148 (MQ=255) cATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTggg < 8:241388/114‑1 (MQ=255) ttGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGATGCCCTCGACCCGaaa < 4:366889/275‑1 (MQ=255) tGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCttt < 8:360941/90‑1 (MQ=255) tGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCttt > 7:360941/1‑90 (MQ=255) tGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCt < 5:844654/102‑1 (MQ=255) tATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCg > 7:173681/1‑121 (MQ=255) ttCG‑GCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAg < 5:927931/145‑1 (MQ=255) ttCG‑ACACAATGGCCAGAATGTACTCAGTGTGGTGGTGGGCGACGCGTCACTTCTGGCGCCCAGCATGATCATCTTTGAAGCGTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCGTTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTAttgtt < 1:87444/187‑1 (MQ=255) tCG‑GCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAag > 6:389747/1‑113 (MQ=255) tCG‑GCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAag < 5:389747/113‑1 (MQ=255) tCG‑GCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTa > 5:454491/1‑121 (MQ=255) tCG‑GCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTg > 5:533940/1‑142 (MQ=255) tCG‑GCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAACAGCTGGGGTGCATTGCTg < 6:533940/142‑1 (MQ=255) tCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTc > 5:551738/1‑40 (MQ=255) tCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTc < 6:551738/40‑1 (MQ=255) tcggcacaATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGt < 8:843078/102‑1 (MQ=255) tcggcacaATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTa < 6:454491/117‑1 (MQ=255) cacaTTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTg < 6:769427/99‑1 (MQ=255) caTTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCt < 6:255333/48‑1 (MQ=255) | TCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGATGCCCTCGACCCGAAA > NC_000913/1304203‑1304733 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |