| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,304,479 | C→G | 7.1% | P216A (CCG→GCG) | oppC → | oligopeptide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,304,479 | 0 | C | G | 7.1% | 587.5 / 27.1 | 169 | P216A (CCG→GCG) | oppC | oligopeptide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (70/87); new base G (6/6); total (76/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGATGCCCTCGACCCGAAA > NC_000913/1304208‑1304733 | ttCCGTTTTCCTGGGCGGTAAAGTTGTTTCGGTAAGGATGCGTCTTCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGa < 1:131705/275‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) caAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTgtggtggtg > 7:216526/1‑72 (MQ=255) caAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCctc < 6:563507/108‑1 (MQ=255) caAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCctc > 5:563507/1‑108 (MQ=255) gTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGGATGTACTCGgtgt < 6:1018268/62‑1 (MQ=255) ttacgccagcGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTTGGCCGAATGTACTCGGTGTGGGGGTGGTCTTCTCGTCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGa < 1:134141/265‑1 (MQ=255) cGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTa > 6:604546/1‑126 (MQ=255) ctttgggCATTGTTTTTTG‑CCCCATTGGGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGATGCCCTc < 4:256930/271‑1 (MQ=255) cATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTg > 5:1043480/1‑93 (MQ=255) cATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTg < 6:1043480/93‑1 (MQ=255) gggCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCa > 6:729308/1‑148 (MQ=255) cATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTggg > 7:241388/1‑114 (MQ=255) cATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTggg < 8:241388/114‑1 (MQ=255) aTTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGc < 8:199890/148‑1 (MQ=255) ttGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGATGCCCTCGACCCGaaa < 4:366889/275‑1 (MQ=255) tGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCttt > 7:360941/1‑90 (MQ=255) tGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCt > 6:844654/1‑102 (MQ=255) ttCG‑GCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAg > 6:927931/1‑145 (MQ=255) ttCG‑ACACAATGGCCAGAATGTACTCAGTGTGGTGGTGGGCGACGCGTCACTTCTGGCGCCCAGCATGATCATCTTTGAAGCGTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCGTTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTAttgtt < 1:87444/187‑1 (MQ=255) tCG‑GCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAag < 5:389747/113‑1 (MQ=255) tCG‑GCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTa > 5:454491/1‑121 (MQ=255) tCG‑GCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAACAGCTGGGGTGCATTGCTg < 6:533940/142‑1 (MQ=255) tCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTc > 5:551738/1‑40 (MQ=255) tcggcacaATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGt > 7:843078/5‑106 (MQ=255) tcggcacaATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGt < 8:843078/102‑1 (MQ=255) tcggcacaATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTa < 6:442451/103‑1 (MQ=255) cacaTTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTg > 5:769427/1‑99 (MQ=255) cacaTTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTg < 6:769427/99‑1 (MQ=255) caTTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCt > 5:255333/1‑48 (MQ=255) caTTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCt < 6:255333/48‑1 (MQ=255) | TTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCG‑CCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGATGCCCTCGACCCGAAA > NC_000913/1304208‑1304733 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |