| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,790,300 | A→T | 5.9% | intergenic (‑219/+20) | waaH ← / ← tdh | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase/L‑threonine 3‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,790,300 | 0 | A | T | 5.9% | 746.6 / 24.2 | 204 | intergenic (‑219/+20) | waaH/tdh | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase/L‑threonine 3‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (111/80); new base T (6/6); total (118/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.69e-02 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
AACGGAATAATAACACTAAGTTTATTGGTGCTGTTCATCATAAATTACCGACGACCTCTGAAGTTATCCTGACGTTTTACAGGCTTTGTATTAAGAAACTATTAAGCCTGTGAGATATTATTTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATCACTTTGGTCCAGTCGATAGACATATCAGACGGCGGAATACCCAGCATCGCAAT > NC_000913/3790041‑3790571 | cTGTTCATCATAAATTACCGACGACCTCTGAAGTTATCCTGACGTTTTACAGGCTTTGTATTAAGAAACTATTAAGCCTGTGAGATATTATTTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGccc > 2:268583/1‑240 (MQ=255) cTTTGTATTAAGAAACTATTAAGCCTGTGAGATATTATTTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCGGGAAATCATCGATagag > 2:513980/1‑275 (MQ=255) gtgAGATATTATTTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGa > 2:170070/1‑272 (MQ=255) gtgAGATATTATTTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTAACCTCAGATAAAAGGTCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATCGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAAAAAGGATGGGTAATGATCGGAGAAAg > 4:81184/1‑275 (MQ=255) gaTATTATTTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGtt < 4:271772/162‑1 (MQ=255) attattTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTNTACATATTTAACAGATTATCCTCNNATAAAAGGNCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTACTccn > 3:32327/1‑170 (MQ=255) ttattTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGc < 4:214328/275‑1 (MQ=255) gagTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGtt > 8:947901/1‑140 (MQ=255) gagTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGtt < 7:947901/140‑1 (MQ=255) gTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTAcc < 4:170069/274‑1 (MQ=255) agagaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGCTTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGACGCCATCGTGTCCCAgggt > 2:119019/1‑273 (MQ=255) aTGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGACTAACTTTCCCGGACTGGCGCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAACCGCTGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACa > 2:479538/1‑275 (MQ=255) tGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTC‑CAGccc < 7:590349/110‑1 (MQ=255) tGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTC‑CAGccc > 8:590349/1‑110 (MQ=255) tGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTc < 6:441745/116‑1 (MQ=255) agcagcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGa > 3:26128/1‑131 (MQ=255) cagcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGACAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAACCAtct > 2:208647/1‑271 (MQ=255) ataAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGcc > 5:237806/1‑96 (MQ=255) ataAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGcc < 6:237806/96‑1 (MQ=255) aaGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAAt < 5:42484/87‑1 (MQ=255) aTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCtt > 2:143665/1‑275 (MQ=255) cAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTa > 2:221226/1‑275 (MQ=255) cAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGAACGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGGTTCAAACATCTCACGACCGTAACTACCtttc > 4:247975/1‑274 (MQ=255) cacaATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATg > 2:412659/1‑275 (MQ=255) caATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTaa < 7:200363/96‑1 (MQ=255) caATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTaa > 8:200363/1‑96 (MQ=255) aTTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTC‑CAGccc > 6:852292/1‑81 (MQ=255) aTTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTC‑CAGccc < 5:852292/81‑1 (MQ=255) ttACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACa > 1:2886/1‑274 (MQ=255) cGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAc‑c > 7:834670/1‑72 (MQ=255) cGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAc‑c < 8:834670/72‑1 (MQ=255) aCTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGc < 5:334231/118‑1 (MQ=255) aCTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGc > 6:334231/1‑118 (MQ=255) ttattaCACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTAAGATAAAAGGGCTGGTATTC‑CAGCCCt < 7:978766/70‑1 (MQ=38) ttataCACTGACAGGATTTTACAAATTTAACAGAGTAGCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGGGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCATTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGAt < 4:264610/272‑1 (MQ=255) tGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCAGCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATCACTTTg > 1:4534/1‑274 (MQ=255) aCAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGAt < 2:572155/163‑1 (MQ=255) aCAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGaa > 1:120043/1‑170 (MQ=255) aCAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATCACTTTGGTc > 4:401751/1‑275 (MQ=255) cAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCgt > 8:870863/1‑65 (MQ=255) cAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCgt < 7:870863/65‑1 (MQ=255) gATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGAt < 3:120043/170‑1 (MQ=255) aTTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGcc > 6:904445/1‑98 (MQ=255) aTTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGcc < 5:904445/98‑1 (MQ=255) ttttACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTaa < 7:514549/65‑1 (MQ=255) ttttACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTaa > 8:514549/1‑65 (MQ=255) atTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGcc > 7:121354/1‑89 (MQ=255) atTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAgaga > 4:218540/1‑133 (MQ=255) ttAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGAt < 8:1089557/137‑1 (MQ=255) ttAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGAt > 7:1089557/1‑137 (MQ=255) cAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATCACTTTGGTCCAGTCGATAGACATATCAGa < 4:37498/275‑1 (MQ=255) aaGATTATCCTCATATAAAAGAGCTGGAATAC‑CCGCCCTTGTTCTTGGTAATCCCAGCTCAGAATAACTGTCCCGGACTGGCCCGAACGCCTAGCGGCAAAGGCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCATACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCCGGTTTGAAACATCTCACGCCCGTAAATTCATTTAATGAACAAGCCTATAAAGATCGCTTTGGTCCAGTCGTTAAACATATCCGa < 4:479537/274‑1 (MQ=255) gATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATCACTTTGGTCCAGTCGATAGACATATCAGAcg > 2:128281/1‑275 (MQ=255) ttATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCg < 5:411563/116‑1 (MQ=255) ttATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCg > 6:411563/1‑116 (MQ=255) ttATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATAACTTTGGTCCAGTCGATAGACATATCAGCcgg > 2:445860/1‑274 (MQ=255) ttATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTAACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATCACTTTGGTCCAGTCGATAGACATATCAGAcgg > 4:109699/1‑274 (MQ=255) atgacctaaaaataaaTGGCTNNAATTCNCAGCCCTTTTTGCTGTTACTACCAACCCCAAATAACTTTCCCGGACTTGCCCGAACGCATAGCGGTAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATCACTTTGGTCCAGTCGATAGACATATCAGAcg < 3:16105/261‑1 (MQ=255) tATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGa > 8:767949/1‑148 (MQ=255) ccTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTaa > 2:203613/1‑218 (MQ=255) cTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGa < 7:767949/148‑1 (MQ=255) cAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGaa < 8:724838/76‑1 (MQ=255) cAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGaa > 7:724838/1‑76 (MQ=255) cAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGAt < 7:315560/122‑1 (MQ=255) cAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGAt > 8:315560/1‑122 (MQ=255) aGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAgaga > 3:139266/1‑115 (MQ=255) aGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGaa < 4:203612/218‑1 (MQ=255) gATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGc > 2:356977/1‑222 (MQ=255) gATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATAAATTTGGTCCAGTCGATAGACATATCAGACGGAGGAATAcc > 1:16105/1‑274 (MQ=255) gATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGACTTTAAAGATCACTTTGGTCCAGTCGATAGACATATCAGACGGCGGAATAccc > 2:315080/1‑275 (MQ=255) aTAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATa < 5:487310/52‑1 (MQ=255) aTAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATa > 6:487310/1‑52 (MQ=255) aTAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGaa > 4:490230/1‑136 (MQ=255) tAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACg < 6:680649/74‑1 (MQ=255) tAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACg > 5:680649/1‑74 (MQ=255) aaaaGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACg < 1:139266/115‑1 (MQ=255) aaaaGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTAcc < 1:82740/174‑1 (MQ=255) aaaaGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGCGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTc < 6:550685/92‑1 (MQ=255) aaaaGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGCGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTc > 5:550685/1‑92 (MQ=255) aaaGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGa < 7:361250/69‑1 (MQ=255) aaaGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGa > 8:361250/1‑69 (MQ=255) aaaGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCttt < 4:356976/222‑1 (MQ=255) aaGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATCACTTTGGTCCAGTCGATAGACATATCAGACGGCGGAATACCCAGCAt < 2:401752/275‑1 (MQ=255) aGGGCTGGTATTC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTaa > 5:637083/1‑120 (MQ=255) aGGGCTGGTATTC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTaa < 6:637083/120‑1 (MQ=255) aGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCGAACATCTCACGACCg > 2:39262/1‑194 (MQ=255) gggCTGGTATTC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGc > 8:12593/1‑70 (MQ=39) gCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCa > 8:468805/1‑77 (MQ=255) gCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCa < 7:468805/77‑1 (MQ=255) gCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACg > 5:920896/1‑109 (MQ=255) gCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACg < 6:920896/109‑1 (MQ=255) cTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACg > 6:782384/1‑108 (MQ=255) cTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACg < 5:782384/108‑1 (MQ=255) tGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCCAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGGTCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATCACTTTGGTCCAGTCGATAGACATATAAGACGGTGGAATACCCAGCCTCTCAAt > 2:25550/1‑275 (MQ=255) tGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATCACTTTGGTc > 4:517632/1‑231 (MQ=255) tGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCCCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATCACTTTGGTCCAGTCGATAGACATATCATACGGCGGAATACCCAGCATCTCAAt > 2:215735/1‑275 (MQ=255) ggAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATg < 5:772078/109‑1 (MQ=255) ggAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATg > 6:772078/1‑109 (MQ=255) aaTAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCtt > 5:1053143/1‑80 (MQ=255) aaTAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCtt < 6:1053143/80‑1 (MQ=255) | AACGGAATAATAACACTAAGTTTATTGGTGCTGTTCATCATAAATTACCGACGACCTCTGAAGTTATCCTGACGTTTTACAGGCTTTGTATTAAGAAACTATTAAGCCTGTGAGATATTATTTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAC‑CAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGCGCCGCCATCTTGTACCAGGTTTCAAACATCTCACGACCGTAAATACCTTTAATGAACAAGCCTTTAAAGATCACTTTGGTCCAGTCGATAGACATATCAGACGGCGGAATACCCAGCATCGCAAT > NC_000913/3790041‑3790571 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |