| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,447,844 | T→C | 7.2% | S1245P (TCT→CCT) | tamB → | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,447,844 | 0 | T | C | 7.2% | 835.5 / 37.6 | 252 | S1245P (TCT→CCT) | tamB | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (123/110); new base C (9/9); total (132/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.39e-02 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GAGAGCGATCAGAGCGACAGTGCGGCAATGACCTCGATGCTGATTGGTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCAGGGGCGGTG > NC_000913/4447571‑4448116 | gagaGCGATCAGAGCGACAGTGCGGCAATGACCTCGATGCTGATTGGTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCgtgt > 2:226970/1‑274 (MQ=255) 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gTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTc < 4:278989/206‑1 (MQ=255) gCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTCGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTCCGCCACAAACCAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCg > 2:132225/1‑266 (MQ=255) cGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGAc > 6:692861/1‑148 (MQ=255) cGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGAc > 6:702346/1‑148 (MQ=255) 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tgCCTGATGCCTAAGCTATATTTGGAAGCC‑TGTGATGGTGTAGACCAGGTACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTGGTAAGGGGAAGATTTGTCTACGGCAGTTTAAGCCACAAAAAAGGCTACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCCGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGTGAACGTAACGGTACACGGTGAAGTTTTTCGTATTGACAACGCCACGCTGGcc < 4:440370/274‑1 (MQ=255) cGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATAtt > 4:548391/1‑94 (MQ=255) gCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATAtt < 5:686188/93‑1 (MQ=255) ccTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAg < 2:569108/79‑1 (MQ=255) ccTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCa < 1:83116/142‑1 (MQ=255) tGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCa > 5:862535/1‑129 (MQ=255) aTGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACt > 4:134835/1‑274 (MQ=255) tGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGa < 6:82370/134‑1 (MQ=255) tAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGtttt < 7:774241/68‑1 (MQ=255) aaGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAAt < 8:801526/134‑1 (MQ=255) aGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGaa > 4:523334/1‑232 (MQ=255) gCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCg > 6:1112369/1‑59 (MQ=255) tataTCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTa > 6:130657/1‑84 (MQ=255) tataTCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCa > 6:998951/1‑110 (MQ=255) atatCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGa > 7:1061095/1‑121 (MQ=255) atatCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGa < 8:1061095/121‑1 (MQ=255) atCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCAc < 7:422475/115‑1 (MQ=255) atCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATTACCAATGCCCAGTAACTGGGcatt > 7:133464/1‑142 (MQ=255) ggAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAAc > 8:321116/1‑105 (MQ=255) ggAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAAc < 7:321116/105‑1 (MQ=255) gAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAat > 6:31925/1‑67 (MQ=255) gAAGCCGTGT‑CGGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCacaaaca > 7:81599/1‑97 (MQ=255) aaGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTa > 8:586787/1‑75 (MQ=255) ccGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGGACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACCCTGGCCGAACTTGTGGCCTTTGCCACCAGGGGCg > 4:458523/1‑275 (MQ=255) cGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATa < 5:272109/148‑1 (MQ=255) gtgt‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTAACTGGGca < 5:797122/132‑2 (MQ=255) tgt‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCTACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGa > 7:739957/1‑110 (MQ=255) tgt‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGTCGATTTCAGTATCGATAAc > 8:860465/1‑148 (MQ=255) tgt‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATa < 6:593717/146‑1 (MQ=255) tgt‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCAACTATCCAGGCGCCGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACCCCACGCATGCCGAAATTGATGCCTTTCGCCCCAGGGGCGGTg > 4:344483/1‑275 (MQ=255) gt‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCAc < 2:458524/263‑1 (MQ=255) t‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACt > 7:512124/1‑124 (MQ=255) | GAGAGCGATCAGAGCGACAGTGCGGCAATGACCTCGATGCTGATTGGTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGT‑CTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCAGGGGCGGTG > NC_000913/4447571‑4448116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |