| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,672,631:1 | +A | 6.5% | coding (585/1203 nt) | hcaD → | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,672,631 | 1 | . | A | 6.5% | 268.4 / 13.8 | 62 | coding (585/1203 nt) | hcaD | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (27/31); new base A (2/2); total (29/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
AGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGAGCA > NC_000913/2672484‑2672777 | aGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAgcgc < 2:827565/148‑1 (MQ=255) cGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGc‑cac < 2:885917/148‑1 (MQ=255) gATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGT‑AGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACcagc < 1:679033/148‑1 (MQ=255) gTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTgg < 2:745056/148‑1 (MQ=255) gTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTgg < 4:684920/148‑1 (MQ=255) aaCTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTgcgc > 3:393145/1‑148 (MQ=255) cTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCa < 1:335689/148‑1 (MQ=255) tGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGc‑cacc > 2:268828/1‑120 (MQ=255) tGGAACTAGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGc‑cacc < 1:268828/120‑1 (MQ=255) gAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGc‑cacca < 4:1011390/119‑1 (MQ=255) gAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGc‑cacca > 3:1011390/1‑119 (MQ=255) gAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGtgtg > 2:45538/1‑132 (MQ=255) gAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGtgtg > 4:564069/1‑132 (MQ=255) gAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGtgtg < 1:45538/132‑1 (MQ=255) gAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGtgtg < 3:564069/132‑1 (MQ=255) gAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCaata < 4:393145/148‑1 (MQ=255) tGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCt < 4:224256/122‑1 (MQ=255) tGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCt > 3:224256/1‑122 (MQ=255) cTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGCACACcagcct < 1:915562/117‑3 (MQ=255) cTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGCACACcagcct > 2:915562/1‑115 (MQ=255) gCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGgtg < 3:1140975/121‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGgtg > 4:1140975/1‑121 (MQ=255) gcgcCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGCACACCAGCCTGCTGgtg < 1:658101/118‑1 (MQ=255) gcgcCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGCACACCAGCCTGCTGgtg > 2:658101/1‑118 (MQ=255) gcgcCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACcagc > 3:91445/1‑108 (MQ=255) gcgcCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACcagc < 4:91445/108‑1 (MQ=255) cgcagcgcagATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATg > 4:109175/1‑132 (MQ=255) cgcagcgcagATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATg < 3:109175/132‑1 (MQ=255) aGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGgtg > 2:186148/1‑96 (MQ=255) aGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGgtg < 1:186148/96‑1 (MQ=255) tGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCt < 3:528242/89‑1 (MQ=255) tGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCt > 4:528242/1‑89 (MQ=255) cAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGtgtg < 1:937226/92‑1 (MQ=255) cAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGtgtg > 2:937226/1‑92 (MQ=255) gATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACa < 4:983912/117‑1 (MQ=255) gATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACg > 3:346874/1‑148 (MQ=255) gATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATACTGCTCAATAATGCCATTGAACa > 3:983912/1‑117 (MQ=255) ttGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTAAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCt > 2:924783/1‑148 (MQ=255) aCTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCaa < 3:377174/148‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCaa > 4:377174/1‑148 (MQ=255) tGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAg < 3:561547/148‑1 (MQ=255) tGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAg > 4:561547/1‑148 (MQ=255) ggcggcAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGt < 1:924783/148‑1 (MQ=255) cAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTg < 1:176782/137‑1 (MQ=255) cAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTg > 2:176782/1‑137 (MQ=255) aCCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGaaaa > 1:1032437/1‑119 (MQ=255) aCCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGaaaa < 2:1032437/119‑1 (MQ=255) ccGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGt > 2:605353/1‑140 (MQ=255) ccGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGt < 1:605353/140‑1 (MQ=255) gTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCACCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGc > 2:917333/1‑148 (MQ=255) tCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCt < 4:346874/148‑1 (MQ=255) ggCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAgg < 1:917333/148‑1 (MQ=255) ccGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCAtt > 2:107557/1‑85 (MQ=255) ccGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCAtt < 1:107557/85‑1 (MQ=255) cGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGa < 3:240591/86‑1 (MQ=255) cGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGa > 4:240591/1‑86 (MQ=255) cGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACAtg < 2:818534/91‑1 (MQ=255) cGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACAtg < 2:612613/91‑1 (MQ=255) cGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACAtg > 1:818534/1‑91 (MQ=255) cGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACAtg > 1:612613/1‑91 (MQ=255) caccacCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCaata < 3:929829/69‑1 (MQ=255) caccacCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCaata > 4:929829/1‑69 (MQ=255) cGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGaaaa > 2:663179/1‑94 (MQ=255) cGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGaaaa < 1:663179/94‑1 (MQ=255) tttACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGAt < 4:995704/67‑1 (MQ=255) tttACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGAt > 3:995704/1‑67 (MQ=255) cAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGt > 4:146326/1‑129 (MQ=255) cAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGt < 3:146326/129‑1 (MQ=255) c‑caccaGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGAtgt < 4:1059107/111‑1 (MQ=255) c‑caccaGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGAtgt > 3:1059107/1‑111 (MQ=255) c‑caccaGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGAGcc < 4:360967/147‑2 (MQ=255) c‑caccaGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGAGcc > 3:360967/1‑146 (MQ=255) | AGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGAGCA > NC_000913/2672484‑2672777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |