| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,066,299:1 | +G | 5.5% | coding (875/897 nt) | ygfI ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,066,299 | 1 | . | G | 5.5% | 985.5 / 49.3 | 220 | coding (875/897 nt) | ygfI | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (101/107); new base G (3/9); total (104/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
AATGTGCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATA‑TGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTCAGAAAATGTCCGCGCTCCACGGCGCTGATTTTGGCCATAAAACTGTAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGTCGCATATTCGCATCAATCATTGCTT > NC_000913/3066028‑3066560 | aaTGTGCCGCCAGGTTGATCACAGCGAACACATCGTCAAACTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGTTCTGCGCGGTCTTTCCCCGGTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑Ctt < 4:70804/275‑1 (MQ=255) ggtCTGCACCGTATTTCCCCGCTTCAACGGGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGAATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATA‑TGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCat < 4:339523/273‑1 (MQ=255) aTCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTGCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACAGCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATA‑TGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCat < 2:75090/274‑1 (MQ=255) acaTCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAt > 5:717832/1‑149 (MQ=255) caTCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATA‑TGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAAt < 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atttaattGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATA‑TGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCaaaa > 8:542/1‑149 (MQ=255) ttGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATA‑TGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTc < 5:420451/149‑1 (MQ=255) aaCCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATA‑TGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCg > 6:1355088/1‑149 (MQ=255) cGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATA‑TGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATAAAAATATTTCAGCGTTGCCGGa > 6:367008/1‑149 (MQ=255) cTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATA‑TGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCAc < 5:1181498/149‑1 (MQ=255) 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AATGTGCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATA‑TGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTCAGAAAATGTCCGCGCTCCACGGCGCTGATTTTGGCCATAAAACTGTAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGTCGCATATTCGCATCAATCATTGCTT > NC_000913/3066028‑3066560 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |