| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,691,171 | 0 | T | A | 5.5% | 813.0 / 25.4 | 231 | noncoding (170/184 nt) | glmY | sRNA activator of glmS mRNA, glmZ processing antagonist |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (102/115); new base A (9/4); total (111/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TCTCCAGCGCCGCGTTGGTCATCGCTTCACTGCGCCGGGCATCAATAAGCGTAGTGCGGTTAACCAGCGCCGCCTGATCGCTAAGCGCATTCAGGCTTTGCCAGGCTTGCCATGCCAGCACCAACAGGGGCAGCAGAATCAGCAAAAATGCCAGCATTACCAGTTGTCGTAATGAGCGGGGAAAAACGGGCCAGCGTTTCAAGGTGTTACT‑CTCGTCAGACGCGAATAGCCTGATGCTAACCGAGGGGAAGTTCAGATACAACAAAGCCGGGAATTACCCGGCTTTGTTATGGAATAAGGCGGTGCCTAACTCGACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACGGCAGGCACCTTGTTGTGCGTCATTCGTATTTTATGTAGCACGTCCCGAAGGGGCTGACATAAGTCGGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTC > NC_000913/2690897‑2691429 | aGCGCCGCGTTGGTCATCGCTTCACTGCGCCGGGCATCAATAAGCGTAGTGCGGTTAACCAGCGCCGCCTGATCGCTAAGCGCATTCAGGCTTTGCCAGGCTTGCCATGCCAGCACCAACAGGGGCAGCAGAATCAGCAAAAATGCCAGCATTACCAGTTGTCGTAATGAGCGGGGAAAAACGGGCCAGCGTTTCAAGGTGTTACT‑CTCGTCAGACGCGAATAGCCTGATGCTCACCGAGGGGAAGTTCAGATACAACAAAGCCGGGAATTAcca > 2:161231/1‑274 (MQ=255) 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tGCCAGGCTTGCCATGCCAGCACCAACAGGGGCAGCAGAATCAGCAAAAATGCCAGCATTACCAGTTGTCGTAATGAGCGGGGAAAAACGGGCCAGCGTTTCAAGGTGTTACT‑CTCGTCAGACGCGAATAGCCTGATGCTAACCGAGGGGAAGTTCAGATACAACAAAGCCGGGAATTACCCGGCTTTGTTATGGAATAAGGCGGTGCCTAACTCGACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCCGATATCAGAAGTTGGACGGCAGGCAcc > 2:137391/1‑275 (MQ=255) ccAACAGGGGCAGCAGAATCAGCAAAAATGCCAGCATGACCGGTTGTCGGAATGGGCCGGGAAAAACGGGCCAGCGTTTCAAGGGGTTACT‑CTCGTCAGACGCGAATAGCCTGATGCTAACCGAGGGGAAGTTCAGATACAACAAAGCCGGGAATTACCCGGCTTTGTTATGGAATAAGGCGGTGCCTAACTCGACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACGGCAGGCACCTTGTTGTGCGTCATTCGTAtt < 4:219452/274‑1 (MQ=255) ggggCAGCAGAATCAGCAAAAATGCCAGCATTACCAGTTGTCGTAATGAGCGGGGAAAAACGGGCCAGCGTTTCAAGGTGTTACT‑CTCGTCAGACGCGAATAGCCTGATGCTAACCGAGGGGAAGTTCAGATACAACAAAGCCGGGAATTACCCGGCt < 4:317386/158‑1 (MQ=255) gcagAATCAGCAAAAATGCCAGCATTACCAGTTGTCGTAATGAGCGGGGAAAAACGGGCCAGCGTTTCAAGGTGTTACT‑CTCGTCAGACGCGAATAGCCTGATGCTAACCGAGGGGAAGTTCAGATACAACAAAGCCGGGAATTACCCg > 7:1346482/1‑149 (MQ=255) 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aaGCCGGGAATTACCCGGCTTTGTTATGGAATAAGGCGGTGCCTAACTCGACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACGGCAGGCACCTTGTTGTGCGTCATTCGTATTTTATGTAGCACGTCCCGaa < 8:192761/149‑1 (MQ=255) aGCCGGGAATTACCCGGCTTTGTTATGGAATAAGGCGGTGCCTAACTCGACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACGGCAGGCACCTTGTTGTGCGTCATTCGTATTTTATGTAGCACGTCCCGAAg < 8:393508/149‑1 (MQ=255) aGCCGGGAATTACCCGGCTTTGTTATGGAATAAGGCGGTGCCTAACTCGACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACGGCAGGCACCTTGTTGTGCGTCATTCGTATTTTATGTAGCACGTCCCGAAg < 8:280680/149‑1 (MQ=255) cGGGAATTACCCGGCTTTGTTATGGAATAAGGCGGTGCCTAACTCGACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACgg > 5:484032/1‑97 (MQ=255) cGGGAATTACCCGGCTTTGTTATGGAATAAGGCGGTGCCTAACTCGACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACgg < 6:484032/97‑1 (MQ=255) | TCTCCAGCGCCGCGTTGGTCATCGCTTCACTGCGCCGGGCATCAATAAGCGTAGTGCGGTTAACCAGCGCCGCCTGATCGCTAAGCGCATTCAGGCTTTGCCAGGCTTGCCATGCCAGCACCAACAGGGGCAGCAGAATCAGCAAAAATGCCAGCATTACCAGTTGTCGTAATGAGCGGGGAAAAACGGGCCAGCGTTTCAAGGTGTTACT‑CTCGTCAGACGCGAATAGCCTGATGCTAACCGAGGGGAAGTTCAGATACAACAAAGCCGGGAATTACCCGGCTTTGTTATGGAATAAGGCGGTGCCTAACTCGACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACGGCAGGCACCTTGTTGTGCGTCATTCGTATTTTATGTAGCACGTCCCGAAGGGGCTGACATAAGTCGGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTC > NC_000913/2690897‑2691429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |