| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,070,413 | T→G | 5.1% | intergenic (‑12/+102) | yihR ← / ← yihS | putative sulphoquinovose mutarotase/sulphoquinovose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,070,413 | 0 | T | G | 5.1% | 631.5 / 13.3 | 185 | intergenic (‑12/+102) | yihR/yihS | putative sulphoquinovose mutarotase/sulphoquinovose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (82/91); new base G (3/7); total (86/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
ACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAAT > NC_000913/4070140‑4070600 | aCTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTACGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCACCCGCGGCAAGTGAAAAGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGAAACTTAATTACAGACATACAGCCTCACGt > 1:30626/1‑274 (MQ=255) gCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCa > 2:219517/1‑275 (MQ=255) ttatggatgTAACAGCTGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCTACAGCGGAATGTCTTCGGGGTGGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAAccc < 4:23383/267‑1 (MQ=255) ccGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCg < 2:16381/275‑1 (MQ=255) cccTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGt < 6:215598/149‑1 (MQ=255) ccTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTg > 5:637924/1‑149 (MQ=255) ccTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTg > 8:304930/1‑149 (MQ=255) ccTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTg > 7:1032369/1‑149 (MQ=255) cTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACTATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGa < 8:13334/149‑1 (MQ=255) cTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGa > 5:1245450/1‑149 (MQ=255) tGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGa < 5:447704/148‑1 (MQ=255) tGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGa > 6:165351/1‑148 (MQ=255) tGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGa < 5:165351/148‑1 (MQ=255) tGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAg > 7:1191852/1‑149 (MQ=255) 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aaGGAACCTTAATCAGCGACATACAGCCCCCCGGGGGGCTG‑ATGGAAAACCCAAAAACTGCACGGGTCGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTGGGGGGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTaa < 7:343736/149‑1 (MQ=37) ggCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGagag > 2:33593/1‑103 (MQ=255) ggCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAata > 5:1417956/1‑149 (MQ=255) ggCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAAt > 2:67559/1‑219 (MQ=255) gCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAatat > 5:285928/1‑149 (MQ=255) ttaattaaCGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCcagc > 6:632255/1‑149 (MQ=255) attaaCGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGa > 6:1000785/1‑149 (MQ=255) ttaaCGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGAc > 5:312073/1‑149 (MQ=255) gACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCt > 5:265015/1‑149 (MQ=255) cATACGGCCTCCCTGGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAACCTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTGGGGGAGAGGGTAAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGc < 7:66920/149‑1 (MQ=255) catcAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGc > 6:1263407/4‑149 (MQ=39) aTACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCa > 6:684690/1‑149 (MQ=255) tACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCGCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTGAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCaa > 5:1208777/1‑149 (MQ=255) tACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCaa > 6:568705/1‑149 (MQ=255) atcAGCCTCACGGGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCaa > 6:327539/3‑149 (MQ=255) 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tCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTgg < 6:285928/149‑1 (MQ=255) accttGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCCCCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGa < 8:1446734/145‑1 (MQ=255) | ACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAAT > NC_000913/4070140‑4070600 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |