| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,612,331 | C→T | 7.0% | intergenic (+42/‑80) | ytjA → / → yjjU | uncharacterized protein/putative patatin‑like family phospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,612,331 | 0 | C | T | 7.0% | 526.4 / 19.9 | 169 | intergenic (+42/‑80) | ytjA/yjjU | uncharacterized protein/putative patatin‑like family phospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (81/76); new base T (5/7); total (86/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
TCGCATTGAGTGATTTTCACGCTCATATCAAGCGGTGACATTAACTATGGTAAAGGAGACGCTTATGTTTCGTTGGGGCATCATATTTCTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGC‑GGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCG > NC_000913/4612064‑4612597 | gACATTAACTATGGTAAAGGAGACGCTTATGTTTCGTTGGGGCATCATATTTCTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTNGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTCAGAAACTTTTATCCANATCAAGTCCACC‑GGACTGGCTTTTCNGGTTTTAGCTATTAAAAAAATGGGTTACt > 3:61284/1‑275 (MQ=255) 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TCGCATTGAGTGATTTTCACGCTCATATCAAGCGGTGACATTAACTATGGTAAAGGAGACGCTTATGTTTCGTTGGGGCATCATATTTCTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGC‑GGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCG > NC_000913/4612064‑4612597 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |