| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,292,473 | C→G | 5.2% | intergenic (+108/+36) | galU → / ← hns | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,292,473 | 0 | C | G | 5.2% | 599.6 / 13.0 | 170 | intergenic (+108/+36) | galU/hns | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (85/76); new base G (5/4); total (90/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
GATCGAAAAAGAAACGGTGGAAGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCGTCAACGTAGCTATATTTTGCCGGACGCTGAGCACGTTTAGCTTTGGTGCCAGATTTAACGGCAGCAAGGCTATTC‑AGCAGTTCGTTCGGGTCAATACCGTCAGCGATCAG > NC_000913/1292200‑1292730 | caagtaaTGTAAAGCCTGGGTTTAAGAAGAGATGGGCCTTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGGGCAATCTACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGc < 1:34523/270‑1 (MQ=255) aaaGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTg < 5:529740/149‑1 (MQ=255) tGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGa > 8:873506/1‑149 (MQ=255) ggCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGAt < 8:127609/149‑1 (MQ=255) ggCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAt < 8:883040/149‑1 (MQ=255) ggCTTGAAGAAGAGATGGGCATAAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGCTTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGCGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTTATTCACGCTTGAGGACGGAGTTGGCCATTCCCGGTTTTCGtt > 1:49187/1‑275 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(MQ=255) gaagaGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAt > 5:446038/1‑141 (MQ=255) agaTGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTaa < 7:135343/142‑1 (MQ=255) gaTGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGc > 7:12864/1‑149 (MQ=255) gggCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAAt > 8:570058/1‑149 (MQ=255) gggCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAAt < 8:871693/149‑1 (MQ=255) aTTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTg > 8:236921/1‑141 (MQ=255) aTTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTg < 7:236921/141‑1 (MQ=255) aTTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTAc > 6:820700/1‑149 (MQ=255) aTTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTAc > 5:44022/1‑149 (MQ=255) agaagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACaaaa < 6:1036618/149‑1 (MQ=255) aagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACaaaa > 5:1021516/1‑147 (MQ=255) aagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGa > 5:405819/1‑149 (MQ=255) gTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGatt < 7:873506/149‑1 (MQ=255) tCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCt > 7:391434/1‑149 (MQ=255) gTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGa < 7:796668/149‑1 (MQ=255) tATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGAt > 8:1379095/1‑149 (MQ=255) aTCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATc < 5:175465/149‑1 (MQ=255) gtTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAACCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGaaa < 7:1056421/149‑1 (MQ=255) ttATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGAttt > 4:331692/1‑105 (MQ=255) tATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtc < 8:391434/149‑1 (MQ=255) tCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcgt < 5:820700/149‑1 (MQ=255) cACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcgtcg > 5:219454/1‑149 (MQ=255) ggttaaCGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGa < 6:308217/145‑1 (MQ=255) aCGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAAt > 7:81778/1‑113 (MQ=255) aCGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGa > 7:1179704/1‑149 (MQ=255) aCGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGa < 8:1072692/149‑1 (MQ=255) 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tataGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGAt > 8:702379/1‑149 (MQ=255) taGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGAt > 8:390974/1‑147 (MQ=255) taGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGAt < 7:390974/147‑1 (MQ=255) taGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTa < 6:1466896/149‑1 (MQ=255) attcttattAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTg < 7:1379095/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttaaaaTCCCGCC‑AGCGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGt > 7:712643/3‑149 (MQ=255) aaaaaaTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGa > 6:1304638/1‑50 (MQ=255) aaaTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTc < 8:527162/149‑1 (MQ=255) aaaTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTc < 6:219454/149‑1 (MQ=255) aaTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCg > 7:1397394/1‑149 (MQ=255) aTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGc > 7:100305/1‑149 (MQ=255) cgcc‑gcTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGtttt < 6:747348/137‑1 (MQ=255) cgcc‑gcTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGtttt > 5:747348/1‑137 (MQ=255) | GATCGAAAAAGAAACGGTGGAAGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCGTCAACGTAGCTATATTTTGCCGGACGCTGAGCACGTTTAGCTTTGGTGCCAGATTTAACGGCAGCAAGGCTATTC‑AGCAGTTCGTTCGGGTCAATACCGTCAGCGATCAG > NC_000913/1292200‑1292730 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |