| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,309,004 | 0 | C | T | 7.3% | 668.1 / 29.7 | 208 | intergenic (‑80/+29) | nlpI/pnp | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation/polynucleotide phosphorylase/polyadenylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (98/94); new base T (5/10); total (103/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
GGAAGTATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGG > NC_000913/3308856‑3309152 | ggAAGTATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGcccc > 3:1339643/1‑149 (MQ=255) aaGTATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGcccccc < 4:210615/149‑1 (MQ=255) aTCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCAGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAg < 4:1247300/149‑1 (MQ=255) 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aaaGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCACCTTCCAGAACtt > 2:1383035/1‑149 (MQ=255) aGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCCGCAGGTTGAGCCTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGTCGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTc > 4:646074/1‑149 (MQ=255) gCCCTCCGCTGCGGCGGGGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCa > 3:591908/1‑149 (MQ=255) ccccccGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCAc < 3:739206/149‑1 (MQ=255) ccccccGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCAc < 2:792031/149‑1 (MQ=255) cccccGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCAcc < 3:13185/149‑1 (MQ=255) cccccGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAAGGCTCAGACGGATACGGCCCTGGGGATCAACTTCCAGAACTTTCAcc > 1:435306/1‑149 (MQ=255) cccGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCgg > 2:1448796/1‑149 (MQ=255) | GGAAGTATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGG > NC_000913/3308856‑3309152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |