| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,070,413 | 0 | T | G | 5.7% | 565.9 / 13.7 | 169 | intergenic (‑12/+102) | yihR/yihS | putative sulphoquinovose mutarotase/sulphoquinovose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (74/83); new base G (3/7); total (78/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.44e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGA > NC_000913/4070265‑4070557 | cccTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGt > 2:500343/1‑149 (MQ=255) ccTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTg > 4:304930/1‑149 (MQ=255) ccTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTg > 3:1032369/1‑149 (MQ=255) 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cATACGGCCTCCCTGGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAACCTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTGGGGGAGAGGGTAAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGc < 3:66920/149‑1 (MQ=255) aTACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCa > 2:684690/1‑149 (MQ=255) tACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCaa > 2:568705/1‑149 (MQ=255) atcAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCAAACCCGAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCa > 1:1037970/3‑149 (MQ=39) atcAGCCTCACGGGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCaa > 2:327539/3‑149 (MQ=255) aGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCg > 4:79512/1‑149 (MQ=255) ccTCCCGTGAGGCTG‑TTGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCt > 4:493336/1‑149 (MQ=255) ccTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAACCTGCCCCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATGAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCt < 3:859104/149‑1 (MQ=255) ccTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACGGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCATTGGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGCAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCt < 2:1245491/149‑1 (MQ=255) cTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCcagca > 3:351234/1‑131 (MQ=255) cTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCcagca < 4:351234/131‑1 (MQ=255) tCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTgg < 2:285928/149‑1 (MQ=255) tCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTgg > 3:503939/1‑149 (MQ=255) accttGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCCCCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGa < 4:1446734/145‑1 (MQ=255) | CCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGA > NC_000913/4070265‑4070557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |