| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,560,455 | +G | intergenic (‑2/+1) | glpR ← / ← glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,560,455 | 1 | . | G | 98.1% | 378.0 / ‑3.4 | 106 | intergenic (‑2/+1) | glpR/glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base G (55/48); total (58/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATG‑CGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAAC > NC_000913/3560182‑3560721 | ccACCGGAGGAAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCCTCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATG‑CGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑c < 1:348881/274‑1 (MQ=255) aaCCGGGGAGAATGATGTGAAAATCTTCTTTTACGATCAACGTGTTGGCAGGGTGGGAATTGTTGGTGAAAATGCGCAAATTGCTGTGATTGGGCAGTGCGTGCGCGACCGGTTCGGGCGTGGTGCCGATATCGATAAGCAGCGTCGGGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATG‑CGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑cg < 3:71353/273‑2 (MQ=255) aaTGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGTATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATG‑CGCCCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGAGCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGGCC‑CGGGATCAgt > 3:439886/1‑273 (MQ=255) atgGGAAAATCTTTTTTTACCATCAAGTTGTTAGGAACGTTGAGATTGTTGGGGACAAGGCGAAAGTTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATG‑CGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTACGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTg < 3:245769/275‑1 (MQ=255) aaaaTCTTCTTTTACCATCAACGAGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATGGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATG‑CGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCg < 2:485187/275‑1 (MQ=255) cttcttTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATG‑CGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGt > 1:245769/1‑261 (MQ=255) ttACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATG‑CGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCCCGGCGTGTTAACCGAACTGTCATGCAGCGCCGCACCGGCATGATGGCC‑CAGGTCCCGGGTTTGCTCCGGCAGcccctttg > 4:41905/1‑269 (MQ=255) cATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATG‑CGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAgg < 3:414740/274‑1 (MQ=255) tgcaacgttgtgtcAAGGTTGGGTTTGTTGGTGACAATGCGTAAATTGCTGTGATTGAGTGGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATTTCGATAAACGGCGTCGGGCCATTGTGGATTTTCTCGGCCACTTTGCGGGCGATG‑CGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGTTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTc < 3:270722/262‑1 (MQ=255) aTCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATG‑CGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTc < 1:184784/275‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |