| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,900,327 | A→C | 5.5% | intergenic (‑54/‑265) | ygcW ← / → yqcE | putative SDR family oxidoreductase/putative MFS transporter, inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,900,327 | 0 | A | C | 5.5% | 747.0 / 29.3 | 218 | intergenic (‑54/‑265) | ygcW/yqcE | putative SDR family oxidoreductase/putative MFS transporter, inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (95/111); new base C (6/6); total (101/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
CACCTGCATGAAGTCCACCTCAACACCCTGTTTTTCAATCATTTCCTTTGTTTCGCCGTTATCTTTGACGAAACTAGGAATAAAGATATTTGCGCCAGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGC‑AAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGACCTGAGAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACTTTTCTCTTTTTTTTGTCTATTACAAATGGGA > NC_000913/2900055‑2900584 | tGTTTTTCAATCATTTCCTTTGTTTCGCCGTTATCTTTGACGAAACTAGGAATAAAGATATTTGCGCCAGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCTTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAAAAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGTGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTATCTCCCATTTCCGATAAGC‑AAAAAAAACGAAATGTAACTTCCCCCGCTACGGGTAACATACCTTTCTCATTaaccttgg > 4:69520/1‑268 (MQ=255) 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ttCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTActc > 5:1053951/1‑149 (MQ=255) ttCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTActc < 6:241589/149‑1 (MQ=255) ttCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTT‑AAAAGCAGAAGCGTGATTActct > 5:195968/1‑149 (MQ=255) tCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTActct < 6:1053951/149‑1 (MQ=255) cccGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTcac > 6:602555/1‑149 (MQ=255) cgAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGa < 1:149692/128‑1 (MQ=255) cgAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACacaa < 8:647887/149‑1 (MQ=255) | CACCTGCATGAAGTCCACCTCAACACCCTGTTTTTCAATCATTTCCTTTGTTTCGCCGTTATCTTTGACGAAACTAGGAATAAAGATATTTGCGCCAGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGC‑AAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGACCTGAGAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACTTTTCTCTTTTTTTTGTCTATTACAAATGGGA > NC_000913/2900055‑2900584 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |