| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,041,216 | T→C | 6.9% | Q73R (CAG→CGG) ‡ | mobB ← | molybdopterin‑guanine dinucleotide biosynthesis protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,041,216 | 0 | T | C | 6.9% | 887.0 / 36.0 | 274 | Q73R (CAG→CGG) ‡ | mobB | molybdopterin‑guanine dinucleotide biosynthesis protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (133/122); new base C (11/8); total (144/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
GCCAGCCCCTCAACATCATTAATATCCAGTAATGCGACATCAAGATTAAGCGGCACATCACTGGCTACAGCAATAACATGCCTGTCTATCACTAATTCTTCAGGTCGATGTCCGGCTCCATCGCGAAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCA‑GCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCAAAAGCGTAGTTTTTCCGGTACCACTCCACGCGGCAAAGGCGAGTAACGGTATCATCGTTTTTCCTGCCATCGGGCAAGCTCCTCTGGCGTATTCACGTTAACAAATGCATCTTTATGA > NC_000913/4040946‑4041481 | catTAATATCCAGTAATGCGACATCAAGATTAAGCGGCACATCACTGGCTACAGCAATAACATGCCTGTCTATCACTAATTCTTCAGGTCGATGTCCGGCTCCATCGCGAAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTtgt > 2:440283/1‑275 (MQ=255) atCCAGTAATGCGACATCAAGATTAAGCGGCACATCACTGGCTACAGCAATAACATGCCTGTCTATCACTAATTCTTCAGGTCGATGTCCGGCTCCATCGCGAAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAg > 1:89247/1‑278 (MQ=255) tAATGCGACATCAAGATTAAGCGGCACATCACTGGCTACAGCAATAACATGCCTGTCTATCACTAATTCTTCAGGTCGATGTCCGGCTCCATCGCGAAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCCTGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGCTGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTgc > 1:208267/1‑278 (MQ=255) tGCGACATCAAGCTTAAGCGGCACATCACTGGCTACAGCAATAACATGCCTGTCTATCACTAATTCTTCAGGTCGATGTCCGGCTCCATCGCGAAACAGCACAACCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCCGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCCGCTCTTCTTCGTCTAGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGACAACGATGGTTTGGGCCGACCCAgac > 4:183774/1‑269 (MQ=255) tCAAGATTAAGCGGCACATCACTGGCTACAGCAATAACATGCCTGTCTATCACTAATTCTTCAGGTCGATGTCCGGCTCCATCGCGAAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGcc > 4:511157/1‑255 (MQ=255) tCAAGATTAAGCGGCACATCACTGGCTACAGCAATAACATGCCTGTCTATCACTAATTCTTCAGGTCGATGTCCGGCTCCATCGCGAAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGCTATCCATTCGACTCGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCACCCTTGCGCACCTccac > 1:296107/1‑275 (MQ=255) tACAGCAATACCAATCCTGTTTATAACTAATTTTTCAGGTCGATGACCGGCTCCATCGCGAAACCGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAAGTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCaa < 4:471929/275‑1 (MQ=255) tAACATGCCTGTCTATCACTAATTCTTCAGGTCGATGTCCGGCTCCATCGCGAAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCt > 2:640175/1‑261 (MQ=255) aTGCCTTGCTATCACTAATTATTCAGTTCAATGTCCGGCTCAATCGCGAAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTCTCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGGCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATc < 4:640170/261‑1 (MQ=255) ttcAGGTCGATGTCCGGCTCCATCGCGAAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTgctggc < 2:407122/176‑1 (MQ=255) gcgAAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTgct < 5:892442/149‑1 (MQ=255) cacaATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCaa < 8:181099/149‑1 (MQ=255) cacaATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCaa > 5:298446/1‑149 (MQ=255) acaATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAAc > 8:964232/1‑149 (MQ=255) caATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTgctggct < 5:963635/142‑1 (MQ=255) caATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCC‑GTCATCAAGGCCCATCGTTgctggct > 6:963635/1‑142 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |