| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,992,624 | T→G | 65.6% | L491R (CTG→CGG) | cyaA → | adenylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,992,624 | 0 | T | G | 65.6% | 97.1 / 78.6 | 76 | L491R (CTG→CGG) | cyaA | adenylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/16); new base G (21/28); total (32/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.73e-01 | |||||||||||
CGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTAAAGGTAACGGCATTGTCGATTTGCCTAAGTTGCAGGAGATGGTCGCCGACGTGTCGCACCATTTCCCGCTGCGCTTACCTGCACCGACACCGAAGGCGCTCTACAGCCCGTGTGAGATCCGCCATCTGGCGATTATCGTTAACCTGGAATATGACCCGACAGCGGCGTTCCGCAATCAGGTGGTGCATTTCGATTTCCGTAAGCTGGATGT > NC_000913/3992354‑3992891 | cgcgTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATTC‑GCCATCAGCCGCTGGCATATAACCGTTACCTGAATAAACtgggg > 2:600349/1‑273 (MQ=255)cgcgTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACgggtg > 2:82387/1‑275 (MQ=255) gaaTAACCTTGGGGTAGCTGCCGGTCCGCAGGATATTGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTGTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGAGTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTGATTTATGTGCCGCCGTGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACGGGTGGCGTggg < 4:491376/274‑1 (MQ=255) cAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACGGGTGGCGTggg < 1:232173/275‑1 (MQ=255) aGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GACATCCGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAACCGGGTGGCGTGGGCATGGTTTa > 2:183978/1‑274 (MQ=255) ccGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATTTTGAGTCGACCATCG‑CCTATGCGCCGCTGGAATAAAACCTTACCCCGAAAAAANCGGGGNNGGGGGGCCGGGTTCACGGccc > 3:20528/1‑273 (MQ=255) gTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGGTGAcc > 2:843272/1‑275 (MQ=255) aGGATATCTGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGGAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGTAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACGGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTcgcg < 1:366837/274‑1 (MQ=255) ggATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCa < 1:20528/275‑1 (MQ=255) tatCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCACATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTCCCTTAATAAACGGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCCGCTGACCCCGCGCAccc > 1:350957/1‑275 (MQ=255) tCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGt < 2:521852/275‑1 (MQ=255) cGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCATGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTTACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTGCCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTg < 1:101878/274‑1 (MQ=255) tGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCTCGCACCCGTTTGta > 1:161005/1‑274 (MQ=255) catgcgatatcgatATGCCCGGTTTGAAGAGTTACCACGTAAAGTCACGCTGTTAAACCCGTAGATTTCACCCGATCTCTCGGAAGCGAATCTTACGTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGTTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACGGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATAtt < 4:138958/261‑1 (MQ=255) cgcgGAAGCGGTAGGCCACTTGTGCAANNTTACGAGTGAAAGTGACGTTGGTAAACCCTNTGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGGGCCGCCGTGCCGGGCTAACCGTTCAGGTNGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATAATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACGGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTa < 3:161005/273‑1 (MQ=255) aaTGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACGGGTGGCGTGGGCAGGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCCCCCGGTTGTATATTAAAggctggctct > 4:37214/2‑266 (MQ=255) ccGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACGGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTg < 2:37215/251‑1 (MQ=255) cgTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACGGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTAAAGGTAACGGCATTGTCGAt > 2:745083/1‑275 (MQ=255) cgTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACGGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTAAAGGTAACGGCATTGTCGAt > 2:793978/1‑275 (MQ=255) 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ttCACCCGACCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGGTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACGGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCa < 1:107480/194‑1 (MQ=255) aCCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTAAAGGTAACGGCATTGTCGATTTGCCTAAGTTGCAGGAGATGGTCGCCGACGTGTCGCACCATTTCCCGc < 2:530012/275‑1 (MQ=255) aTCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACgggtg < 8:80567/149‑1 (MQ=255) aTCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGACGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGCTCATCA‑GCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACgggtg > 7:62919/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |