| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,716,033 | C→A | 10.1% | intergenic (+23/+33) | eamB → / ← grcA | cysteine and O‑acetylserine exporter/autonomous glycyl radical cofactor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,716,033 | 0 | C | A | 10.1% | 287.2 / 19.0 | 89 | intergenic (+23/+33) | eamB/grcA | cysteine and O‑acetylserine exporter/autonomous glycyl radical cofactor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/40); new base A (3/6); total (43/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.81e-01 | |||||||||||
TTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCG > NC_000913/2715885‑2716181 | tttGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGc > 1:566912/1‑149 (MQ=255) tGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGccc < 2:529081/149‑1 (MQ=255) aTGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGGCGACCTCTTc < 4:772165/149‑1 (MQ=255) 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cAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTaaa < 3:501642/145‑1 (MQ=255) cAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTaaa > 4:501642/1‑145 (MQ=255) tATGGTCGGCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGa < 2:566912/149‑1 (MQ=255) tATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGa > 4:177506/1‑149 (MQ=255) gTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGa < 4:699372/149‑1 (MQ=255) 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aaGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGat < 3:889911/149‑1 (MQ=255) aaGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGat > 4:53224/1‑149 (MQ=255) gagGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGatat < 1:755367/149‑1 (MQ=255) cGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTc < 2:896188/149‑1 (MQ=255) gCCCTCTTCCTCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTcc < 3:916645/149‑1 (MQ=255) gCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATAGACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTcc > 3:419965/1‑149 (MQ=255) gCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTcc < 3:327549/149‑1 (MQ=255) gCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTcc < 3:53224/149‑1 (MQ=255) cccTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCg > 3:107322/1‑149 (MQ=255) | TTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCG > NC_000913/2715885‑2716181 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |