| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 475,971 | C→G | 6.0% | intergenic (+20/+11) | ybaY → / ← ybaZ | outer membrane lipoprotein/excision repair protein, alkyltransferase‑like protein ATL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 475,971 | 0 | C | G | 6.0% | 762.3 / 30.6 | 217 | intergenic (+20/+11) | ybaY/ybaZ | outer membrane lipoprotein/excision repair protein, alkyltransferase‑like protein ATL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (95/109); new base G (5/8); total (100/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.21e-03 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
AGATGTTCAGCCGAACGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAACTAAAGCCGACCTGACATTGGTGCCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAA‑GCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGATTAACCACCCGGTGCCAGGGTAAGGTGCTGCCTTCAGGGAGACGCTTTAACACACCGCCCACCTGGCGCGCGGCGCGGGGCGATCCCGCCAGTTTCGCCACATCACCGTAAGTGGTGACATAGCCTTCGGGA > NC_000913/475702‑476240 | agtgttttaGCCGAACTCGCGTTATCTTTTGAGGTCGGCTATTACCATGAATGACAAACTGGTCTTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAACTAAAGCCGACCTGACATTGGTGCCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAA‑GCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGga < 1:185494/267‑1 (MQ=255) gATGTTCAGCCGAACGCGCGTATTCTGGTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAACTAAAGCCGACCTGACATTGGTGCCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAA‑GCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGgag < 2:133438/275‑1 (MQ=255) gTTCAGCCGAACGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACACACTGGTATTTACCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAACTAAAGCCGAACTGACATTGGTGCAGGTACAGCAAACCGCCGTGACGGTTCAGGCCAGCGGGTGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACGACACCAACTCAGGTGAAGCGGACGTCGTCAGTTCCAGCCCCTACACCATATTAACGCGAC‑TACACCCTCCCCGCCCGGAgggg > 4:183381/1‑275 (MQ=255) cctgaCGCGCGTGTTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGTAGTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGCTCAACCAGGGGGGAACTAAAGCCGACCTCACATTGGTGCCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAA‑GCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTtagt < 2:619115/271‑1 (MQ=255) 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cAGCTCCTACGCAATATTAA‑GCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCATTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAAtccgg > 8:642271/1‑149 (MQ=255) gCTCCTCCGCAATATTAA‑GCGCCCGTAACCCTCTCCGCCCGGGGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGATTAACCACCCGGTGCCAGGGTAAGGTGCTGCCTTCAGGGAGACGCTTTAACACACCGCCCACCTGGCGCGCGGCGCGGGGCGATCCCGCCAGTTTCGCca < 4:28699/275‑1 (MQ=255) tCCTACGCAATATTAA‑GCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATAcc > 5:642629/1‑98 (MQ=255) gCAATATTAA‑GCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGGTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAATTCCGGTCCGGTTAGc > 5:945881/1‑149 (MQ=255) cAATATTAA‑GCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGc < 5:1061651/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGc < 7:303644/149‑1 (MQ=255) aCGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGt < 8:541418/149‑1 (MQ=255) cGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTg > 3:100692/1‑62 (MQ=255) cGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCt > 4:34233/1‑87 (MQ=255) gTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTgg > 6:366484/1‑149 (MQ=255) ttAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGc < 6:18176/149‑1 (MQ=255) 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cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGAtt > 8:78133/1‑149 (MQ=255) ctcCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGATTAACCACCCGGTGCCAGGGTAAGGTGCTGCCTTCAGGGAGACGCTTTAACACACCGCCCACCTGGCGCGCGGCCCGGGGCGATCCCGCCCGTTTCGCCACATCACCTGAAGTGGGGACATAGCCCTAgggg > 4:583957/1‑274 (MQ=255) gCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGATTAACCACCCGGTGCCAGGGTAAGGTGCTGCCTTCAGGgaga < 4:250895/181‑1 (MQ=255) | AGATGTTCAGCCGAACGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAACTAAAGCCGACCTGACATTGGTGCCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAA‑GCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGATTAACCACCCGGTGCCAGGGTAAGGTGCTGCCTTCAGGGAGACGCTTTAACACACCGCCCACCTGGCGCGCGGCGCGGGGCGATCCCGCCAGTTTCGCCACATCACCGTAAGTGGTGACATAGCCTTCGGGA > NC_000913/475702‑476240 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |