| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,897,615 | T→C | 6.0% | L37P (CTG→CCG) ‡ | cbrB → | PRK09823 family inner membrane protein, creBC regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,897,615 | 0 | T | C | 6.0% | 532.6 / 15.8 | 167 | L37P (CTG→CCG) ‡ | cbrB | PRK09823 family inner membrane protein, creBC regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/80); new base C (8/2); total (84/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.90e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
TTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTCTGGCTGGTGGCATA > NC_000913/3897468‑3897763 | ttAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACC‑GCTg > 4:779979/1‑149 (MQ=255) tAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGGCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCGCGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACC‑GCTgg > 4:623905/1‑149 (MQ=255) aaTTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACC‑GCTGGtt > 4:231235/1‑149 (MQ=255) 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1:1037490/149‑1 (MQ=255) gCAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTct < 2:184800/149‑1 (MQ=255) ccaaaGAACC‑AGCGGTTCTTTGGGTGATAATATATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTctg > 2:942082/3‑149 (MQ=255) ccaaaGAACC‑AGCGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGttagctg > 4:1012485/3‑144 (MQ=255) ccaaaGAACC‑AGCGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTctg > 3:21836/3‑149 (MQ=255) cAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTa < 4:466803/50‑1 (MQ=255) cAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTa > 3:466803/1‑50 (MQ=255) cAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATc > 1:182199/1‑122 (MQ=255) aaaaGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTctgg > 2:360309/1‑149 (MQ=255) aaaGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAGACGTTATCGTTGTctggc < 3:670539/149‑1 (MQ=255) aaCC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTCTGGCtggt > 1:826373/1‑149 (MQ=255) c‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTCTGGCTGGTGGc > 4:352871/1‑149 (MQ=255) gCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTCTGGGTGGTGGCa > 1:343367/1‑149 (MQ=255) tGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTCTGGCTGGTGGCATa < 4:1077541/149‑1 (MQ=255) | TTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTCTGGCTGGTGGCATA > NC_000913/3897468‑3897763 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |