| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3795026 | 373 (3.750) | 7 (0.070) | 6/308 | NT | 1.9% | coding (98/1047 nt) | waaF | ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase II |
| ? | NC_000913 | = 3795059 | 375 (3.970) | coding (131/1047 nt) | waaF | ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase II | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 428 total aligned reads displayed.
ACTGAAAGGCCGCTATCAGGCGTTCACTCAGGCAGATCTGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCG‑CTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACG > NC_000913/3794787‑3795329 | aGGCCGCTATCAGGCGTTCACTCAGGCAGATCTGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTattatcgc < 2:159372‑M2/275‑9 (MQ=255) cTATCAGGCGTTCACTCAGGCAGATCTGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGGC‑CATTCTTATCGCTGATGc > 2:400277/1‑275 (MQ=255) tCACTCAGGCAGATCTGACAAAGCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTaa < 1:150451/274‑1 (MQ=255) agcctggggcgggcggGGTAGGAAAAACCGTTCAAAACGGTTGCTGAAGGTGGAACGGAAGACATGGCCGGGCTGAATCGCGACGCAGAAGAGCTGTGCATGAAAATACTGGTGAGCGGGCCGGATTTGGGTTGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGAGATAGTCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCctct < 4:371262/264‑1 (MQ=255) ataaaaCCGTTACAAACCCTTGCGGAAGTGCTACGGGAATACATGGTCTGGTTGAATGCGGACTGATCAGATGTATGCATGAACAGACGGGTTGTCGGCGGGTTTTGGGTTGGCGAGATGATGATGTCGGAAAGTCTCTCTCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCATGCGATAATCGATGTGATGGAACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGaaa < 4:11694/271‑1 (MQ=255) aCCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTattat < 4:350387‑M2/209‑6 (MQ=255) cGTACAAAACCGTTGCTGAAGGGGTAACGGAAAACATGGCATGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGAAATGATGATGTCGCAAAGTATCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCGATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGAAAATCGGCGa < 2:235943/274‑1 (MQ=255) ttCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATcgcg < 2:350392/209‑1 (MQ=255) tCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCGGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCAGGGAGAGATGGAAATCGGCGAAcgc > 1:1262/1‑275 (MQ=255) ttGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGCAGTTAACGAAGCTATTCCTATTCCCCTCGGTCACGGGGCGCTGGAAAACGGCGAACGCCGCCAACTg > 4:422835/1‑275 (MQ=255) ttGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGAAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCTGATGCCGGAAg > 1:107749/1‑210 (MQ=255) aTACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTACCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGaaa < 2:119697/275‑1 (MQ=255) tACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGt > 2:72366/1‑219 (MQ=255) gaCATGGCCTGGCTGAATCGGGACGGATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGACCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTAGCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAGGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGaaa < 2:257844/273‑1 (MQ=255) cTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTa > 2:376119/1‑273 (MQ=255) gCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTa < 2:452873/191‑1 (MQ=255) 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aCGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTattat < 1:66163‑M2/153‑6 (MQ=255) aCGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTa > 6:259852‑M2/1‑148 (MQ=255) aCGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTa < 6:75311‑M2/149‑2 (MQ=255) aTAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATcgcg < 3:66163/153‑1 (MQ=255) tAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTattatc > 6:370909‑M2/1‑143 (MQ=255) 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tGAAAATACTGGTGATCGGCCCGGCTTGGGTTGGCGACATGATGATCTCGCAAAGTCTCTCTCGCACGCGCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAAc < 1:43317/204‑1 (MQ=255) tGAAAATACTGGTGATCGGCCCGGCTTGGGTTGGCGACATAATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCAAGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGAGAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCaaa < 2:195317/275‑1 (MQ=255) tACTGGTGATGGGCCCGTCTTGGGTTGGGGCAATGATGATGGCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTg < 1:49117/273‑1 (MQ=255) tACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAAc < 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cTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGCTGCG‑CTACGGTTTACTCAACg > 2:272371/1‑275 (MQ=255) cTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCCCGGCGAGATGCG‑CTACGGTTTACTCAACg > 2:79233/1‑275 (MQ=255) aTCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGt < 5:242648/149‑1 (MQ=255) ccccAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAAc < 1:72406/72‑1 (MQ=255) 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ggCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCG‑CTACGGTTTACTCAACGATGTAcgcg > 2:62026/1‑275 (MQ=255) gATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTattatcgcctggggatagcgcgcctggagcgtgcgatagagactttgcgacatcatcatgtcgccaacccaagacgggccgatcaccagtattttcatgcagagctctta < 6:100574‑M2/149‑111 (MQ=255) aTAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGaaa < 4:17795/142‑1 (MQ=255) aTAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTa > 7:359991/1‑149 (MQ=255) 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tC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCa > 8:329725/1‑149 (MQ=255) tC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCG‑CTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAAc > 2:342362/1‑275 (MQ=255) c‑cATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACCGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCG‑CTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACg < 2:422706/275‑1 (MQ=255) c‑cATTATTATCGCGGAATCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCG‑CTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACg < 2:447737/275‑1 (MQ=255) c‑cATTATGATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTAGTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCTCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCG‑CTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACg < 2:28956/275‑1 (MQ=255) cATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGGTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCaaa > 7:301716/1‑149 (MQ=255) cATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCaaa < 7:119369/149‑1 (MQ=255) cATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCaaa < 6:276843/149‑1 (MQ=255) | ACTGAAAGGCCGCTATCAGGCGTTCACTCAGGCAGATCTGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTC‑CATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCG‑CTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACG > NC_000913/3794787‑3795329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |