| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,764,687 | T→C | 5.7% | intergenic (‑301/+26) | sufA ← / ← rydB | Fe‑S cluster assembly protein/novel sRNA, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,687 | 0 | T | C | 5.7% | 232.6 / 2.6 | 70 | intergenic (‑301/+26) | sufA/rydB | Fe‑S cluster assembly protein/novel sRNA, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/29); new base C (2/2); total (39/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
CATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGGATCAATGCACGCCCAGACGCCAGGCA > NC_000913/1764424‑1764958 | cATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGaca > 2:508085/1‑274 (MQ=255) aaaaCATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCg > 4:268524/1‑259 (MQ=255) cATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCAc < 2:268528/259‑1 (MQ=255) taaGCATAGACCCTGATGGGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTAACTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataa < 2:169067/275‑1 (MQ=255) 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aTAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAg > 7:342650/1‑105 (MQ=255) aTAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCt > 8:359505/1‑149 (MQ=255) aGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGctct > 2:364629/1‑115 (MQ=255) ggTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGCCATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GTGTTTCTACCCCATCCGTCGCTTACCTCCGGCACTCTCACTGGCTTAGCTCTTGAAGTGGCGATAAGAATAATCTCATAATGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGTCGTTAGATCAGCAGCATTAAGCAGGTAATCGAACCTGGACGGAGTTGAATACAGGTCGATTTGGCGAACTTGCg > 4:90911/1‑274 (MQ=255) tAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataat > 7:105913/1‑133 (MQ=255) tAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataat < 8:105913/133‑1 (MQ=255) tAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAAccc > 5:449585/1‑149 (MQ=255) aaaaaaGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGaa < 4:364624/115‑1 (MQ=255) gCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAaca < 5:156941/149‑1 (MQ=255) gCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAaca < 7:241919/149‑1 (MQ=255) cGTTCATAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCTGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCt < 2:382731/92‑1 (MQ=255) ttCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACaa > 5:140827/1‑149 (MQ=255) ttCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTAtt > 4:76067/1‑201 (MQ=255) gAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTaaga < 2:76068/201‑1 (MQ=255) acaaTAAGATAACCCTGAAGTCTGTGCGACACAGGTTTAA‑GTGGTTCTCCCCCCTCCGTCGTTTTGCTCCGGCACTCTCAGTTGTTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGGATCAATGCa < 4:202749/273‑1 (MQ=255) 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aaGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTGGCAGGGGCGATAAGATTAATCTCATAAAGCTAACACGCCGTTTTAACACAAACGGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATAACAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTAATTGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCCAACTTGCCGCATTAATTCAGGAGCAATGCACGCCCAAACGACaaggc > 4:428628/1‑271 (MQ=255) tCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGaa < 6:381079/149‑1 (MQ=255) tCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGaa > 5:207384/1‑149 (MQ=255) | CATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGGATCAATGCACGCCCAGACGCCAGGCA > NC_000913/1764424‑1764958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |