| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,764,694 | G→C | 5.7% | intergenic (‑308/+19) | sufA ← / ← rydB | Fe‑S cluster assembly protein/novel sRNA, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,694 | 0 | G | C | 5.7% | 235.8 / 4.4 | 71 | intergenic (‑308/+19) | sufA/rydB | Fe‑S cluster assembly protein/novel sRNA, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/27); new base C (2/2); total (42/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
CATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGGATCAATGCACGCCCAGACGCCAGGCAAAGTAG > NC_000913/1764424‑1764964 | cATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGaca > 2:508085/1‑274 (MQ=255) aaaaCATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCg > 4:268524/1‑259 (MQ=255) cATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCAc < 2:268528/259‑1 (MQ=255) taaGCATAGACCCTGATGGGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTAACTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataa < 2:169067/275‑1 (MQ=255) 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aTTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCgg > 2:533131/1‑149 (MQ=255) aTTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAaca > 4:263573/1‑219 (MQ=255) aGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCAct < 4:533126/149‑1 (MQ=255) aGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACaaa < 2:263577/219‑1 (MQ=255) 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ttGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCAc > 5:350638/1‑125 (MQ=255) aaaTGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAg > 8:241919/1‑149 (MQ=255) cTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataat > 7:227148/1‑149 (MQ=255) aaGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATa > 7:34521/1‑149 (MQ=255) agaTAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTAtt > 2:327424/1‑223 (MQ=255) 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acaaTAAGATAACCCTGAAGTCTGTGCGACACAGGTTTAA‑GTGGTTCTCCCCCCTCCGTCGTTTTGCTCCGGCACTCTCAGTTGTTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGGATCAATGCa < 4:202749/273‑1 (MQ=255) aaaTAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGc > 6:277682/1‑149 (MQ=255) aaaTAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGc < 7:237691/149‑1 (MQ=255) gAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAg > 5:381079/1‑149 (MQ=255) ttAAGCCTGTGTCGCACAGACTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACccgcc < 7:192434/118‑1 (MQ=38) ttAAGCCTGTGTCGCACAGACTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACccgcc > 8:192434/1‑118 (MQ=39) taggTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTAtttt < 8:34521/146‑1 (MQ=255) aaGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTGGCAGGGGCGATAAGATTAATCTCATAAAGCTAACACGCCGTTTTAACACAAACGGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATAACAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTAATTGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCCAACTTGCCGCATTAATTCAGGAGCAATGCACGCCCAAACGACaaggc > 4:428628/1‑271 (MQ=255) tCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGaa < 6:381079/149‑1 (MQ=255) tCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGaa > 5:207384/1‑149 (MQ=255) 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gACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCAtt < 2:329986/231‑1 (MQ=255) | CATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGGATCAATGCACGCCCAGACGCCAGGCAAAGTAG > NC_000913/1764424‑1764964 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |