| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,904,592 | C→A | 5.1% | T233N (ACT→AAT) | manZ → | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,904,592 | 0 | C | A | 5.1% | 421.0 / 9.7 | 124 | T233N (ACT→AAT) | manZ | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/62); new base A (3/4); total (58/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.37e-02 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTATCTGGAGGATTAATGACAATCACGGACCTGGTACTGATTCTTTTCATCGCCGCACTCCTGGCCTTCGCGATCTACGAT > NC_000913/1904330‑1904866 | ctgctgTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATCTGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCATGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGTTTGTCTCTCGCGTTACTGACCAGACGGGCAAAGACCACGTTACTACT‑GTCCAGCCTATTCTGGACCAGTTact > 1:11404/1‑273 (MQ=255) ctgctgTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCAGTACTGACCAGACGGGCACAGAACGCGTTACTACT‑GCCCAGACTATTCTggtacatttca > 4:204085/1‑265 (MQ=255) ctgctgTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGGCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTATATCGCATTACTGGCCAGGCGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATATTCTGGACCTGtctct > 4:68703/1‑271 (MQ=255) tgTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGcc < 2:204088/274‑1 (MQ=255) ttcttcATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAgg < 2:184006/275‑1 (MQ=255) gagcccgtgatgacGGTGTAGCGTATGGTACCGTCCAACGTATAGATATCGTTAAAGATATGGTTGGTGGTTTGCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTTGGCCTGTTTGTCAGGGGGGCCTTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGAACAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTg < 4:225903/262‑1 (MQ=255) aaCCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTa < 2:436186/275‑1 (MQ=255) ctacGGCGTAGCGTATTGTTATGCCAAAGTTATCGAGATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTAGCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTa < 2:404931/274‑1 (MQ=255) cGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATAGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGATAACAAGTGGACACATGTCAACATCCGGCTGGTTGTCACTCGCATTACTGACCAGACGGGAAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCGGGAACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGGGGCTAcag > 1:54599/1‑272 (MQ=255) cgtagcgtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCATGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTgcgc > 2:324138/1‑274 (MQ=255) tagcgtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCaaa > 2:79513/1‑275 (MQ=255) ggTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTaa < 4:79512/275‑1 (MQ=255) cTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCg < 2:511446/274‑1 (MQ=255) aaGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCACGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCtgtg > 2:498680/1‑274 (MQ=255) gtggCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgct > 1:28122/1‑193 (MQ=255) tggCTTCCTGCAAAAACGGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCGGTTTGTCATGGGGTCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCg < 1:102097/275‑1 (MQ=255) cTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctgctg < 3:28122/193‑1 (MQ=255) ttCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAc > 6:234330/1‑149 (MQ=255) aaaaaCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTg < 5:450773/149‑1 (MQ=255) aaCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATAGTCTGGAc < 5:332104/149‑1 (MQ=255) aCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGGTCCAGAATAGTCTGGAc < 8:65417/149‑1 (MQ=255) aCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGAcc > 5:153245/1‑149 (MQ=255) ggAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAg > 8:243829/1‑145 (MQ=255) ggAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAg < 7:243829/145‑1 (MQ=255) ggggCGTCTATCCTCGGCCTGGTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTGGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTgg < 2:323878/274‑1 (MQ=255) gggCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCa < 8:189287/149‑1 (MQ=255) gggCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCa < 7:315511/149‑1 (MQ=255) ggCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAg < 6:153245/149‑1 (MQ=255) ggCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAg < 7:323363/149‑1 (MQ=255) tATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActg > 4:175847/1‑157 (MQ=255) cTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctgc < 2:175849/157‑1 (MQ=255) cTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATAGTCTGGa < 7:112750/125‑1 (MQ=255) cTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACGGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATAGTCTGGa > 8:112750/1‑125 (MQ=255) tCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACtg < 2:375910/274‑1 (MQ=255) tttgttttctgtgggcCATTGNNCAACANTTGTCAACATGCCAACATCGCGATTGTTGTCGACCGCCTTACTGTCCAGACGGGAAAAGAACACGTTACCACG‑GTCCAGACTATTCGTGCCCATTTAATTCCAGGCCTGGCATCACTGCTGCCTACCTTTGCTTGTATGTGGCGACGGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCGTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTa < 3:11404/262‑1 (MQ=255) cTGTTTTTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACAAATGGCAACATCCCGCTGGTTGTTTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GGCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTa < 2:374283/274‑1 (MQ=255) cTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTa < 1:89211/274‑1 (MQ=255) cTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATAGTCTGGAcagta < 7:253840/124‑5 (MQ=255) cTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATAGTCTGGAcagta > 8:253840/1‑120 (MQ=255) aTTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTa > 5:297211/1‑149 (MQ=255) aTTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTa < 5:153088/149‑1 (MQ=255) aTTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTa > 7:454258/1‑149 (MQ=255) ggTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGc > 8:78347/1‑110 (MQ=255) ggTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGc < 7:78347/110‑1 (MQ=255) gTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAACGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTa > 3:128849/1‑120 (MQ=255) tAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTa > 2:456371/1‑118 (MQ=255) aCAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCAc < 1:128849/120‑1 (MQ=255) aaGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCt > 6:251166/1‑89 (MQ=255) aaGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCt < 5:251166/89‑1 (MQ=255) aaGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCAc < 4:456366/118‑1 (MQ=255) aaGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACt > 5:337352/1‑149 (MQ=255) gTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGtt > 2:399183/1‑160 (MQ=255) gACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTg > 2:282066/1‑203 (MQ=255) gACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACGATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTTCTTACCTTTGCTTGTATGTGTCTACTGCGCAAAAACGTTAACCCACTGTGGACCATAGTTGGCTTCTTCGTATTCGGTATCGCTGGTTCCCCTTTCGGCCTGCTGGGACTGTACAGCTTTTGGACCCTCCCGGGGCCTTTGGCCCCCGttttttttg > 4:53294/1‑273 (MQ=255) acacATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAAcc < 4:399178/160‑1 (MQ=255) caTGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTa < 4:282062/203‑1 (MQ=255) cAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTa < 5:234330/149‑1 (MQ=255) cATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAAcc > 6:240022/1‑149 (MQ=255) cccGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAAACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTTGCTACTGCGCAAAAAAGTTAAACCGCGGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTTGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTCTACCATACTGGGGCCTTTTCACCACTCTCTTTTATCTTGTGGGTTCATgc > 4:262066/1‑274 (MQ=255) ggTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGa < 6:35317/149‑1 (MQ=255) gttgttTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACGTTTCTGGACCAGTTAATGCCATGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTATCTGGAGGATTAATGACAATCAc < 2:305098/275‑1 (MQ=255) gTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgt > 5:230716/1‑115 (MQ=255) gTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgt < 6:230716/115‑1 (MQ=255) tGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACTCGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGTCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTTGatca < 5:12808/149‑1 (MQ=255) tGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGCACTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCACCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTATCTGGAGGATTAATGACAATCACgg < 2:53295/275‑1 (MQ=255) tGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatca < 7:164416/149‑1 (MQ=255) tctctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCAct > 5:293652/1‑88 (MQ=255) tctctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatcatc < 8:454258/149‑1 (MQ=255) tctctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatcatc < 6:297211/149‑1 (MQ=255) tctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCtt < 6:121052/103‑1 (MQ=255) tctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCtt > 5:121052/1‑103 (MQ=255) aTTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTATCTGGAGGATTAATGACAATCACGGACCTGGTAc < 2:68278/274‑1 (MQ=255) cTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCttcttc > 5:475061/1‑149 (MQ=255) tGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGATCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTTCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatc < 6:49953/133‑1 (MQ=255) aCCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTATCTGGAGGATTAATGAc < 2:221175/250‑1 (MQ=255) aCCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCACCGTTGGCTTCTTCGTCATCg > 4:423179/1‑153 (MQ=255) ccAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCa < 7:12508/149‑1 (MQ=255) gACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTAt < 2:423184/153‑1 (MQ=255) ggCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCttcttc > 6:148265/1‑138 (MQ=255) aaaGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGc > 5:163445/1‑149 (MQ=255) gAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTgg < 6:337352/149‑1 (MQ=255) cacGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTa > 6:52525/1‑149 (MQ=255) cGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTATCTGGAGGATTAATGACAATCACGGACCTGGTACTGATTCTTTTCATCTCCGCACTCCTgg > 2:480940/1‑275 (MQ=255) tactacT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGt < 6:464709/142‑1 (MQ=255) tactacT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGt > 5:464709/1‑142 (MQ=255) tact‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGtt < 8:218041/140‑1 (MQ=255) tact‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTATCTGGAGGATTAATGACAATCACGGACCTGGTACTGATTCTTTTCATcgc > 2:245653/1‑258 (MQ=255) gTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTATCTGGAGGATTAATGACAATCACGGACCTGGTACTGATTCTTTTCATCGCCGCa < 4:245649/258‑1 (MQ=255) tCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCttcttc > 2:529617/1‑116 (MQ=255) tCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCctg > 7:223765/1‑149 (MQ=255) cAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGcc > 2:539807/1‑145 (MQ=255) cAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGGACACTACCGGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTa > 3:6780/1‑201 (MQ=255) gACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGcc > 7:15632/1‑143 (MQ=255) gACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGcc < 8:15632/143‑1 (MQ=255) gACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTTTGCCCCGTTTTTTTATCTgg < 4:202708/204‑1 (MQ=255) gACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACAACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCa < 4:529612/116‑1 (MQ=255) cTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCctgct < 4:539802/145‑1 (MQ=255) cTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTaa < 3:82092/155‑1 (MQ=255) cTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTATCTg < 1:6780/201‑1 (MQ=255) cTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACGGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTATTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTGCCGGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTATCTGGAGGATTAATGACAATCACGGACCTGGTACTGATTCTTTTCATCGCCGCACTCCTGGCCTTCGCGATCTACGAt < 1:10749/275‑1 (MQ=255) | GGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTATCTGGAGGATTAATGACAATCACGGACCTGGTACTGATTCTTTTCATCGCCGCACTCCTGGCCTTCGCGATCTACGAT > NC_000913/1904330‑1904866 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |