| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,716,030 | T→G | 10.2% | intergenic (+20/+36) | eamB → / ← grcA | cysteine and O‑acetylserine exporter/autonomous glycyl radical cofactor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,716,030 | 0 | T | G | 10.2% | 221.1 / 21.0 | 79 | intergenic (+20/+36) | eamB/grcA | cysteine and O‑acetylserine exporter/autonomous glycyl radical cofactor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/35); new base G (3/5); total (39/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.00e-03 | |||||||||||
TTTGCAGTTTGTGAACGTCAAAATCATTTTGTACGGTGTTACGGCACTGTCGACGTTTGTTCTGCCGCAAACACAGGCGTTAAGCTGGGTAGTTGGCGTCAGCGTTTTGCTGGCGATGATTGGGACGTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGCATCTTCCAGAGTTTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGACCACCTTCAACGCGAACTTCTGGTTTCACTTCTACT > NC_000913/2715758‑2716276 | tttgcATTTTGTGAACGTCAAAATCATTTTGTACGGTGTTACGGCAGTTTGGACGTTTGTTCGGCCGCAAACACAGGCGTTAAGCTGGGTAGTTGGGGTCAGCGTTTTGCTGGCGATGATTGGGACGTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCg < 2:6183/275‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAgg < 7:192189/68‑1 (MQ=255) tAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTGCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGGACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGTATCTTCCAGAGTGTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGacc < 1:7078/235‑1 (MQ=255) aCGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGAt > 6:440680/1‑149 (MQ=255) aCGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGAt < 7:438822/149‑1 (MQ=255) cGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATg > 8:273270/1‑149 (MQ=255) ggAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGa < 7:380260/73‑1 (MQ=255) ggAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGa > 8:380260/1‑73 (MQ=255) ggAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCgg > 7:356039/1‑149 (MQ=255) ggAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCgg > 7:26784/1‑149 (MQ=255) gAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTaaa < 8:299810/61‑1 (MQ=37) gAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTaaa > 7:299810/1‑61 (MQ=255) aaGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCGGat < 8:356039/149‑1 (MQ=255) gagGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGGGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCGGatat < 5:440680/149‑1 (MQ=255) | TTTGCAGTTTGTGAACGTCAAAATCATTTTGTACGGTGTTACGGCACTGTCGACGTTTGTTCTGCCGCAAACACAGGCGTTAAGCTGGGTAGTTGGCGTCAGCGTTTTGCTGGCGATGATTGGGACGTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGCATCTTCCAGAGTTTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGACCACCTTCAACGCGAACTTCTGGTTTCACTTCTACT > NC_000913/2715758‑2716276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |