| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,304,479 | C→G | 5.6% | P216A (CCG→GCG) | oppC → | oligopeptide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,304,479 | 0 | C | G | 5.6% | 365.1 / 9.3 | 108 | P216A (CCG→GCG) | oppC | oligopeptide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/48); new base G (4/2); total (57/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATG‑GTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCT‑CCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGATGCCCTCGACCCGAAAGATCGTTAAGGAG > NC_000913/1304205‑1304746 | gCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATG‑GTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGCAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGc > 2:466948/1‑275 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |