| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,308,194:1 | +A | 8.3% | coding (731/885 nt) | nlpI ← | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,308,194 | 1 | . | A | 8.3% | 235.3 / 17.5 | 60 | coding (731/885 nt) | nlpI | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (23/32); new base A (2/3); total (25/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.35e-01 | |||||||||||
GGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAATGTTCCATCCCCACTGTTCCT > NC_000913/3308048‑3308341 | ggTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGgt‑ag < 4:358004/149‑1 (MQ=255) gTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGgt‑agt > 3:450858/1‑149 (MQ=255) tCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGgt‑agta > 3:105530/1‑149 (MQ=255) aTTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTa > 2:22797/1‑149 (MQ=255) aTTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTa < 1:103991/149‑1 (MQ=255) cAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAAt < 3:319093/149‑1 (MQ=255) cAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAAt < 4:166794/149‑1 (MQ=255) aGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGTAAGTAC‑TACCTaagtc > 2:293254/1‑146 (MQ=255) 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ccTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGTAAGTAC‑TACCTaagt > 3:396915/1‑133 (MQ=255) ccTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGTAAGTAC‑TACCTaagt < 4:396915/135‑3 (MQ=255) cTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCAc < 4:450858/149‑1 (MQ=255) cTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCAc < 2:474989/149‑1 (MQ=255) aGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATg < 4:66132/149‑1 (MQ=255) 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aTCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGtt < 3:135772/149‑1 (MQ=255) cGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCg < 2:82851/145‑1 (MQ=255) cGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCg > 1:82851/1‑145 (MQ=255) aacaaAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCt > 3:6997/1‑149 (MQ=255) aacaaAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCt > 3:17207/1‑149 (MQ=255) 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gCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTg > 1:193904/1‑149 (MQ=255) gCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTg > 1:447309/1‑149 (MQ=255) gCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTg > 3:177165/1‑149 (MQ=255) ccGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCg < 4:105530/149‑1 (MQ=255) gCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCt > 3:303213/1‑149 (MQ=255) tttGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTc > 2:327034/1‑72 (MQ=255) tttGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTc < 1:327034/72‑1 (MQ=255) ttGAACAGTGCCGTGGAGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGtt < 4:434570/149‑1 (MQ=255) gAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGc > 1:335607/1‑149 (MQ=255) aCAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGccc < 2:22119/149‑1 (MQ=255) gTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAgg > 2:138751/1‑149 (MQ=255) ccGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAg < 1:398744/149‑1 (MQ=255) gTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTACCGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGaa < 3:50454/149‑1 (MQ=255) gTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGaa < 3:103830/149‑1 (MQ=255) tCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAAt > 3:468361/1‑149 (MQ=255) tCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAAt < 4:419453/149‑1 (MQ=255) cAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAATGt > 4:148895/1‑149 (MQ=255) aaaTCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAATGtt < 4:17207/149‑1 (MQ=255) aaaTCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAATGtt > 2:247504/1‑149 (MQ=255) ccAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCtt < 3:86659/92‑1 (MQ=255) ccAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCtt > 4:86659/1‑92 (MQ=255) tAGGTAAGTAC‑TACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAATGTTCCATCCCCACTGtt < 4:412630/149‑1 (MQ=255) tAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAATGTTCCATCCCCACTGtt < 2:335607/149‑1 (MQ=255) aGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAATGTTCCATCCCCACTGTTc < 2:168845/149‑1 (MQ=255) ggT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAATGTTCCATCCCCACTGTTcc > 4:235668/1‑149 (MQ=255) gt‑agtaCTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAATGTTCCATCCCCACTGTTCCt < 2:193904/149‑1 (MQ=255) gt‑agtaCTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAATGTTCCATCCCCACTGTTCCt > 3:129630/1‑149 (MQ=255) | GGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGT‑AGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAACGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAATGTTCCATCCCCACTGTTCCT > NC_000913/3308048‑3308341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |