| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,904,595 | T→G | 9.7% | I234S (ATT→AGT) | manZ → | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,904,595 | 0 | T | G | 9.7% | 192.7 / 14.1 | 62 | I234S (ATT→AGT) | manZ | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/31); new base G (2/4); total (27/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
AAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTG > NC_000913/1904451‑1904743 | aaaaaCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTg < 3:63015/149‑1 (MQ=255)aaaaaCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTg < 1:450773/149‑1 (MQ=255)aaaaaCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTg < 1:39372/149‑1 (MQ=255) aaCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATAGTCTGGAc < 1:332104/149‑1 (MQ=255) aCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGGTCCAGAATAGTCTGGAc < 4:65417/149‑1 (MQ=255) aCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGAcc > 1:153245/1‑149 (MQ=255) ggAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAg < 3:243829/145‑1 (MQ=255) ggAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAg > 4:243829/1‑145 (MQ=255) 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aaGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACt > 1:337352/1‑149 (MQ=255) aTGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCaaaaaa < 4:189737/149‑1 (MQ=255) cAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTa < 1:234330/149‑1 (MQ=255) cATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAAcc > 2:240022/1‑149 (MQ=255) ccGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctgct < 3:282959/104‑1 (MQ=255) ccGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctgct > 4:282959/1‑104 (MQ=255) cGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCtg > 2:172478/1‑149 (MQ=255) ggTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGa < 2:35317/149‑1 (MQ=255) gTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgt < 2:230716/115‑1 (MQ=255) gTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgt > 1:230716/1‑115 (MQ=255) tGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACTCGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGTCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTTGatca < 1:12808/149‑1 (MQ=255) tGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatca < 3:164416/149‑1 (MQ=255) 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4:91372/1‑149 (MQ=255) cTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCttcttc > 1:475061/1‑149 (MQ=255) tGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGATCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTTCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatc < 2:49953/133‑1 (MQ=255) tGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatc > 1:49953/1‑133 (MQ=255) ccAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCa < 3:12508/149‑1 (MQ=255) ggCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCttcttc > 2:148265/1‑138 (MQ=255) ggCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCttcttc < 1:148265/138‑1 (MQ=255) aaaGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGc > 1:163445/1‑149 (MQ=255) gAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTgg < 2:337352/149‑1 (MQ=255) cacGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTa > 2:52525/1‑149 (MQ=255) tactacT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGt < 2:464709/142‑1 (MQ=255) tactacT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGt > 1:464709/1‑142 (MQ=255) tact‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGtt < 4:218041/140‑1 (MQ=255) tact‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGtt > 3:218041/1‑140 (MQ=255) tact‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCg > 1:21758/1‑149 (MQ=255) tCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCctg > 3:223765/1‑149 (MQ=255) 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NC_000913/1904451‑1904743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |