| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,685,527 | A→G | G354G (GGT→GGC) | fumC ← | fumarate hydratase (fumarase C),aerobic Class II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,685,527 | 0 | A | G | 97.5% | 420.0 / ‑5.7 | 123 | G354G (GGT→GGC) | fumC | fumarate hydratase (fumarase C),aerobic Class II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); major base G (61/54); minor base T (2/1); total (64/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CCCAGCGCAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTG‑TGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCG‑CGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTGCGCCTGAACCAGGGCATCACAGGTCGCCAGCGCTT > NC_000913/1685261‑1685792 | cccAGCGCAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCAACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAgc > 3:196496/1‑275 (MQ=255) caccgccacggCCGCATCTTTTACGGTCCGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGGTCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAgcgc < 4:304986/266‑1 (MQ=255) cAGCGCAAGCGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAgcgc < 2:3231/275‑1 (MQ=255) cAGCGAAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGGCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCATTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCGCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAgcgc < 2:120856/275‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |