| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,684,019 | C→T | 6.1% | R380W (CGG→TGG) | rstB → | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,684,019 | 0 | C | T | 6.1% | 516.7 / 17.1 | 166 | R380W (CGG→TGG) | rstB | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/81); new base T (4/6); total (78/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.37e-04 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
TCTGGCAGATATTCAGGCAGTAACGCCCGATAAAACGGTACGGATAAAAACGCTCGTGCAAGGCCATTATGCGGCGTTGGATATGCGCTTAATGGAGCGCGTGCTGGATAATTTGCTCAATAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGC‑CGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGGCGCGTTACGATCTCGTAG > NC_000913/1683748‑1684280 | tCTGGCAGATATTCAGGCAGTAACGCCCGATAAAACGGTACGGATAAAAACGCTCGTGCAAGGCCATTATGCGGCGTTGGATATGCGCTTAATGGAGCACGTGCTGGATAATTTGCTCAATGACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGGATAGAGGGACATTAATTGTTGAGGATGAGGGCCGAGGGATTGCCCCCGAAAACCGCGAACATATCTTGGAACCTTTTGTTCGCCGCGAACCCAGC‑Cggg > 4:267079/1‑275 (MQ=255) tAACGCCCGATAAAACGGTACGGATAAAAACGCTCGTGCAAGGCCATTATGCGGCGTTGGATATGCGCTTAATGGAGCGCGTGCTGGATAATTTGCTCAATAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGC‑CGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGc > 4:378101/1‑275 (MQ=255) ccGATAAAACGGTACGGATAAAAACGCTCGTGCAAGGCCATTATGCGGCGTTGGATATGCGCTTAATGGAGCGCGTGCTGGCTAATTTGCTCAATAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCACCGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAAGAGAGCGACATTAATTGTCGAGGAGGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAACCCGCGACAACACCCTTGAACTGTTTGTTCGCATAGCACCCAGCNCGGGANNCCCCACccgccgcgcccggccgggg > 3:1752/1‑265 (MQ=255) ccGATAAAACGGTACGGATAAAAACGCTCGTGCAAGGCCATTATGCGGCGTTGGATATGCGCTTAATGGAGCGCGTGCTGGATAATTTGCTCAATAACGCCCTGCGGTACTGCAATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTATTTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGACAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGC‑CGGGATCGCTCAACCGGCCGCTGCgggct > 2:216610/1‑274 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |