| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,901,034 | C→G | 6.6% | T184T (ACG→ACC) | yoaE ← | putative membrane protein/conserved protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,901,034 | 0 | C | G | 6.6% | 368.6 / 15.1 | 106 | T184T (ACG→ACC) | yoaE | putative membrane protein/conserved protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/51); new base G (3/4); total (51/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GACGCGCAATCTGGTTAAACACTTCGATGATGATCGAGAAGCCAATCGCGGCATACAGGTAACCTTTCGGAATGTGGAAACCGAAACCTTCTGCCACCAGACTCAGACCAATCATTAACAGGAAGCTCAGACAGAGCACCACCACCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAACGAGAAGAC > NC_000913/1900889‑1901174 | gACGCGCAATCTGGTTAAACACTTCGATGATGATCGAGAAGCCAATCGCGGCATACAGGTAACCTTTCGGAATGTGGAAACCGAAACCTTCTGCCACCAGACTCAGACCAATCATTAACAGGAAGCTCAGACAGAGCACCACCACCGt < 4:1030495/148‑1 (MQ=255) aCGCGCAATCTGGTTAAACACTTCGATGATGATCGAGAAGCCAATCGCGGCATACAGGTAACCTTTCGGAATGTGGAAACCGAAACCTTCTGCCACCAGACTCAGACCAATCATTAACAGGAAGCTCAGACAGAGCACCACCACCGTg < 4:922546/148‑1 (MQ=255) gcgcAATCTGGTTAAACACTTCGATGATGATCGAGAAGCCAATCGCGGCATACAGGTAACCTTTCGGAATGTGGAAACCGAAACCTTCTGCCACCAGACTCAGACCAATCATTAACAGGCAGCTCAGCCAGAGCACAAGCACCGTgg‑gg < 2:963546/149‑1 (MQ=255) gcgcAATCTGGTTAAACACTTCGATGATGATCGAGAAGCCAATCGCGGCATACAGGTAACCTTTCGGAATGTGGAAACCGAAACCTTCTGCCACCAGACTCAGACCAATCATTAACAGGAAGCTCAGACAGAGCACCACCACCGTgg‑gg > 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cagacagaGCACCACCACCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATcc > 3:855761/1‑148 (MQ=255) gacagaGCACCACCACCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAAc < 2:754773/149‑1 (MQ=255) gacagaGCACCACCACCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAAc < 2:1061555/149‑1 (MQ=255) gacagaGCACCACCACCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAAc < 2:392837/149‑1 (MQ=255) cagaGCACCACCACCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAACg < 3:745238/148‑1 (MQ=255) gagCACCACCACCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAACgag > 3:717607/1‑148 (MQ=255) agCACCACCACCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAACgaga < 4:414657/148‑1 (MQ=255) agCACCACCACCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAACgaga < 4:1043552/148‑1 (MQ=255) agCACCACCACCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAACGagaa < 1:1028844/149‑1 (MQ=255) agCACCACCACCGTGG‑GGTGCTAGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTGCCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAACGagaa < 1:964103/149‑1 (MQ=255) caccaccacCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAACGagaaga < 2:82457/149‑1 (MQ=255) accaccaccGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAACGAGAAGAc > 1:23804/1‑149 (MQ=255) | GACGCGCAATCTGGTTAAACACTTCGATGATGATCGAGAAGCCAATCGCGGCATACAGGTAACCTTTCGGAATGTGGAAACCGAAACCTTCTGCCACCAGACTCAGACCAATCATTAACAGGAAGCTCAGACAGAGCACCACCACCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAACGAGAAGAC > NC_000913/1900889‑1901174 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |