| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,977,230 | Δ1 bp | 8.4% | intergenic (‑91/+36) | motA ← / ← flhC | proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,977,230 | 0 | T | . | 8.4% | 479.7 / 36.2 | 142 | intergenic (‑91/+36) | motA/flhC | proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/69); new base . (6/6); total (67/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TCAAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTGCAGG > NC_000913/1977082‑1977378 | tcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 3:1565240/1‑149 (MQ=255)tcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 3:1126054/1‑149 (MQ=255) aaaTAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTa < 2:999668/149‑1 (MQ=255) 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agcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGtt < 4:759311/149‑1 (MQ=255) agcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGtt < 3:812431/149‑1 (MQ=255) gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATc > 4:1029849/1‑98 (MQ=38) gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCtttt > 3:782427/1‑128 (MQ=255) gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTg > 2:1239169/1‑149 (MQ=255) gcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGa > 1:1530606/1‑140 (MQ=255) gcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTg > 4:1331299/1‑149 (MQ=255) aCGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGc < 3:1426163/149‑1 (MQ=255) aCGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGc < 4:946332/149‑1 (MQ=255) gtcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTg > 1:475387/1‑149 (MQ=255) gtcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTg > 1:638506/1‑149 (MQ=255) 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TCAAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTGCAGG > NC_000913/1977082‑1977378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |