| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,977,227 | T→A | 8.4% | intergenic (‑88/+39) | motA ← / ← flhC | proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,977,227 | 0 | T | A | 8.4% | 472.7 / 27.3 | 144 | intergenic (‑88/+39) | motA/flhC | proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/70); new base A (6/6); total (68/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TCATCAAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTG > NC_000913/1977079‑1977374 | tcatcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgt > 1:306032/1‑149 (MQ=255) catcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGTGGT‑Acgtc < 4:1507643/149‑1 (MQ=255) atcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcg > 4:754725/1‑149 (MQ=255) tcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 3:1126054/1‑149 (MQ=255) aaaTAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTa < 2:999668/149‑1 (MQ=255) aaaTAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTa > 2:1248792/1‑149 (MQ=255) aaaTAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTa > 1:1337009/1‑149 (MQ=255) aaTAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTAc < 3:123673/149‑1 (MQ=255) aTAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTAcc < 2:1340688/149‑1 (MQ=255) ccgacgAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctg < 4:1155605/149‑1 (MQ=255) cgccgAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCgctgc < 2:963801/149‑1 (MQ=255) aaaaCTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgcttttt < 1:1423509/149‑5 (MQ=255) aaaaCTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGaa < 4:780928/149‑1 (MQ=255) aaaaCTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGaa < 4:299108/149‑1 (MQ=255) cTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGtt < 4:1374962/149‑1 (MQ=255) gTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGTTAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTgc < 3:885681/149‑1 (MQ=255) gTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTgc > 1:303413/1‑149 (MQ=255) gTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTgc < 3:671570/149‑1 (MQ=255) agaACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCa > 1:156940/1‑149 (MQ=255) aacaacCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCAcc < 1:991320/149‑1 (MQ=255) aacCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTa > 2:211956/1‑149 (MQ=255) aaCCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTaa > 3:1450487/1‑149 (MQ=255) aCCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTaaa > 3:1439243/1‑149 (MQ=255) aCCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTaaa < 2:78419/149‑1 (MQ=255) aCCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTaaa > 2:72061/1‑149 (MQ=255) taataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTaa < 4:325125/145‑1 (MQ=255) taataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAg > 4:839402/1‑149 (MQ=255) aataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgctttttt > 1:1050908/1‑115 (MQ=38) aataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgctttttt < 2:1050908/120‑6 (MQ=38) aataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGc < 2:665801/149‑1 (MQ=255) taagataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGtt < 4:1456776/104‑1 (MQ=255) taagataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCt < 1:144043/149‑1 (MQ=255) gataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcgt < 3:1239977/100‑1 (MQ=255) gataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 4:1239977/1‑100 (MQ=255) ataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTAc < 3:352995/149‑1 (MQ=255) ataagCACGACATAATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTAc > 1:152564/1‑149 (MQ=255) gCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATAACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc < 4:583109/149‑1 (MQ=255) gCACGAAATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGGTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc > 4:1421818/1‑149 (MQ=255) cACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctct < 3:1529709/149‑1 (MQ=255) cACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctct < 3:175655/149‑1 (MQ=255) cACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctct < 2:1194450/149‑1 (MQ=255) gACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGtt > 2:124018/1‑149 (MQ=255) atcatcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAg < 2:617880/123‑1 (MQ=255) atcatcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAg > 1:617880/1‑123 (MQ=255) tcatcCTTCCCCTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATc < 2:575023/149‑1 (MQ=255) tcatcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATc < 2:156940/149‑1 (MQ=255) tcatcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATc > 2:1295379/1‑149 (MQ=255) tcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCcag < 3:545996/149‑1 (MQ=255) cTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCcagca > 1:1349139/1‑149 (MQ=255) cACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc > 2:769350/1‑132 (MQ=255) cACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc < 1:769350/132‑1 (MQ=255) aCTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTtgt < 2:306032/149‑1 (MQ=255) tGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTgg < 1:364166/149‑1 (MQ=255) tGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTgg < 2:918725/149‑1 (MQ=255) ttGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGa < 2:1337009/149‑1 (MQ=255) tGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTTGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGat < 1:1214134/149‑1 (MQ=255) tGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGat < 1:232417/149‑1 (MQ=255) gACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGata > 1:980177/1‑149 (MQ=255) gACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGata < 3:1262654/149‑1 (MQ=255) aCCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGataa > 3:175001/1‑149 (MQ=255) ccATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGataat > 1:414491/1‑149 (MQ=255) cATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGataata > 1:1242533/1‑149 (MQ=255) tGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATc < 4:885467/149‑1 (MQ=255) tGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAATTAAACAGCCTGTCCTCTCTGTTCAGCGAGCAGTTGTGGGATAATATc < 4:1538345/149‑1 (MQ=255) gACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAACAAAGCAGCGGT‑Acgtc > 2:1124784/1‑63 (MQ=255) gACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtc < 1:1124784/63‑1 (MQ=255) aCAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCgg < 2:43384/149‑1 (MQ=255) cAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGc < 2:33441/149‑1 (MQ=255) aGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGtt > 4:396288/1‑99 (MQ=255) aGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCa < 3:981955/149‑1 (MQ=255) ggATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAg < 2:361726/149‑1 (MQ=255) gATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGTAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGc < 1:713384/104‑1 (MQ=255) aTGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGa < 1:379944/149‑1 (MQ=255) ttCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTgc > 3:437799/1‑76 (MQ=255) ttCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTc > 1:80244/1‑149 (MQ=255) tcgtcAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 2:442634/1‑51 (MQ=255) gtcAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGaaa > 3:1341825/1‑149 (MQ=255) tcAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTAAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAg > 2:1506038/1‑149 (MQ=255) aGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGtt > 3:334564/1‑149 (MQ=255) cGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTAc < 4:1565240/149‑1 (MQ=255) cgcgcgATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAACTTTACGTCttt < 1:1183059/149‑1 (MQ=255) cgcgATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCttttt < 3:264409/149‑1 (MQ=255) gATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACt > 2:919709/1‑149 (MQ=255) ggCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCgg > 4:1340464/1‑149 (MQ=255) gCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctct < 1:1552570/80‑1 (MQ=255) gCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCggg > 3:134415/1‑149 (MQ=255) gCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCggg > 1:114768/1‑149 (MQ=255) aaaaaGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGACTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGc < 1:124018/149‑1 (MQ=255) aaaaGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCg < 1:12652/149‑1 (MQ=255) agcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGtt < 3:812431/149‑1 (MQ=255) gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATc > 4:1029849/1‑98 (MQ=38) gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCtttt > 3:782427/1‑128 (MQ=255) gcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGa < 2:1530606/140‑1 (MQ=255) gcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTg > 4:1331299/1‑149 (MQ=255) agcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGAc < 4:1264159/149‑1 (MQ=255) aCGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGc < 2:897884/149‑1 (MQ=255) aCGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGc < 4:946332/149‑1 (MQ=255) gtcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTg > 1:475387/1‑149 (MQ=255) gtcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTg > 1:638506/1‑149 (MQ=255) gtcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTg > 2:290740/1‑149 (MQ=255) | TCATCAAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTG > NC_000913/1977079‑1977374 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |