| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,866,487 | G→C | 6.9% | intergenic (+22/+72) | ygbN → / ← rpoS | putative transporter/RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,866,487 | 0 | G | C | 6.9% | 499.9 / 23.3 | 145 | intergenic (+22/+72) | ygbN/rpoS | putative transporter/RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/63); new base C (5/5); total (77/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
GTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACC‑TTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGGCCTTCAACCT > NC_000913/2866339‑2866635 | gTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATgg < 4:1422347/149‑1 (MQ=255)gTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATgg < 3:648688/149‑1 (MQ=255)gTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATgg < 1:55374/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |