| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 672,113 | T→C | 5.3% | D25G (GAT→GGT) | lptE ← | LPS assembly OM complex LptDE, lipoprotein component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 672,113 | 0 | T | C | 5.3% | 662.3 / 17.0 | 203 | D25G (GAT→GGT) | lptE | LPS assembly OM complex LptDE, lipoprotein component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/104); new base C (6/5); total (94/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
GGATGGAACGTCCTTACGCGTGGTTTCTTTATCAAGCAACTCGACACCATTCAGACGTAACTGGTTACGCACCGCACGGCTTAATGGCCCGTTCGGATCGCCTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGTACAGTA > NC_000913/671965‑672258 | ggATGGAACGTCCTTACGCGTGGTTTCTTTATCAAGCAACTCGACACCATTCAGACGTAACTGGTTACGCACCGCACGGCTTAATGGCCCGTTCGGATCGCCTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTAt > 1:105516/1‑149 (MQ=255) gATGGAACGTCCTTACGCGTGGTTTCTTTATCAAGCAACTCGACACCATTCAGACGTAACTGGTTACGCACCGCACGGCTTAATGGCCCGTTCGGATCGCCTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATc < 3:416564/149‑1 (MQ=255) ggAACGTCCTTACGCGTGGTTTCTTTATCAAGCAACTCGACACCATTCAGACGTAACTGGTTACGCACCGCACGGCTTAATGGCCCGTTCGGATCGCCTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACg > 1:430334/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) aCCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCt > 1:1321693/1‑149 (MQ=255) cTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTgg > 3:632656/1‑149 (MQ=255) cATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTAc < 4:622232/149‑1 (MQ=255) cATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTAc < 4:1511786/149‑1 (MQ=255) ggaaggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAAt > 4:90049/1‑149 (MQ=255) gaaggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATc > 1:1256749/1‑149 (MQ=255) aaggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCa > 4:652376/1‑149 (MQ=255) aggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCAc > 4:1242320/1‑149 (MQ=255) ggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTa < 1:121471/131‑1 (MQ=255) aaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACttt < 2:981315/149‑1 (MQ=255) atcTGCGTGATACCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTgagga > 2:1384843/3‑123 (MQ=255) atcTGCGTGATACCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTgagga < 1:1384843/121‑1 (MQ=255) tGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATaa < 4:516997/59‑1 (MQ=255) gCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGTa < 4:1378826/149‑1 (MQ=255) tGGTATCACGCAGATGTCAGCCACACCCTGCGGTGCTTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAACGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGCTTGAGGAGTCTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGTACAg < 2:735449/149‑1 (MQ=255) gTATCACTCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTa > 2:869511/1‑140 (MQ=255) gTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTATGTAAATCACTTTACGTACAGTa > 4:382083/1‑149 (MQ=255) gTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTa < 1:869511/140‑1 (MQ=255) | GGATGGAACGTCCTTACGCGTGGTTTCTTTATCAAGCAACTCGACACCATTCAGACGTAACTGGTTACGCACCGCACGGCTTAATGGCCCGTTCGGATCGCCTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGTACAGTA > NC_000913/671965‑672258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |