| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 3359295 | 150 (1.070) | coding (98/1419 nt) | gltD | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TATCGCCCAGACGCACGGCGATCAGGGGCTGGCAGCCGATCCTATCAAAGCGTACTTCAACGGCACCGCAGGCCAGAGCTTCGGCGTGTGGAACGCGGGCGGCGTGGAACTGTACCTGACCGGTGATGCCAACGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCGCAGCCATGAAGCAAGCATTATCGGCAACACC‑TGCCTGTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTC‑GGCGTGCGTAACTCCGGTGCTATCACCGTGGTAGAAGGCATTGGCGACAACGGTTGTGAATATATGACGGGTGGTATCGTCTGCATTCTGGGTAAAACCGGCGTTAACTTCGGTGCGGGCATGACCGGCGGTTTCGCTTACGTTCTCGATGAAAGCGGCGATTTCCGCAAAC‑GCGTTAACCCGGAACTGGTCGAGGTCTTAAGCGTTGACGCTCTGGCGATCCATGAAGAGCATCTGCGTGGTCTTATCACCGAGC > NC_000913/3358477‑3359024 | tatCGCCCAGACGCACGGCGATCAGGGGCTGGCAGCCGATCCTATCAAAGCGTACTTCAACGGCACCGCAGGCCAGAGCTTCGGCGTGTGGAACGCGGGCGGCGTGGAACTGTACCTGACCGGTGATGCCAACGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCGCAGCCATGAAGCAAGCCTTATCGGCAACACC‑TGCCTGTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCGgccggccg > 2:102520/1‑276 (MQ=255)tatCGCCCAGACGCACGGCGATCAGGGGCTGGCAGCCGATCCTATCAAAGCGTACTTCAACGGCACCGCAGGCCAGAGCTTCGGCGTGTGGAACGCGGGCGGCGTGGAACTGTACCTGACCGGTGATGCCAACGACTATGGCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGGCATTCGTCCGCCGGTTGGTTCCGGCTTTCGCAGCCCTGAAGCAAGCAGTCTCGGCCACACCTTACCTG‑ATGGGCTGACCGGTGGTTGTGTGTATGCCGAAGGct > 3:530826/1‑274 (MQ=255) ggcccccaaCGCACGGCGAGCAGGGGAGGGGGGCCGAGCCTGGCAAAGCGGACTACAACGGAACCGCAGGCCAGGGCTTCGGCGGGGGGAAGGCGGGCGGCGTGGAACTGTACCTGACCGGGGATGCCAACGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCGCAGCCATGAAGCAAGCATTATCGGCAACACC‑TGCCTGTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCcg < 3:6136/266‑1 (MQ=255) cGGCGATCAGGGGCTGGCAGCCGATCCTATCAAAGCGTACTTCAACGGCACCGCAGGCCAGAGCTTCGGCGTGTGGAACGCGGGCGGCGTGGAACTGTACCTGACCGGTGATGCCAACGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCGCAGCCATGAAGCAAGCATTATCGGCAACACC‑TGCCTGTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACgg > 1:89878/1‑273 (MQ=255) gaccAGGGGCTGGCAACCGATCCTTACAAAGCGTACGTCCACGGAACCGCAGGCCAGGGCTTCGGGGGGTGGAACGCGGGCGGGGGGGAACTGTACCTGACCGGTGATGCCAACGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCGCAGCCATGAAGCAAGCATTATCGGCAACACC‑TGCCTGTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTC‑Ggc < 2:45196/273‑1 (MQ=255) aTCAGGGGCTGGCAGCCGATCCTATCAAAGCGTACTTCAACGGCACCGCAGGCCAGAGCTTCGGCGTGTGGAACGCGGGCGGCGTGGAACTGTACCTGACCGGTGATGCCAACGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCGCAGCCATGAAGCAAGCATTATCGGCAACACC‑TGCCTGGATGGCGCGACCGGCTGTCGTCTGTATGCCGCCGGCCGCGCCGTGTAACGTTTC‑Ggc > 1:27586/1‑275 (MQ=255) ggggCTGGCAGCCGATCCTATCAAAGCGTACTTCAACGGCACCGCAGGCCAGAGCTTCGGCGTGTGGAACGCGGGCGGCGTGGAACTGTACCTGACCGGTGATGCCAACGACTATGTCGGTACAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCGCAGCCATGAAGCAAGCATTATCGGCAACCCC‑TGCCTGTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCCGGCCGCCCGGGTGAACGTTTC‑Ggcgggc > 3:107064/1‑275 (MQ=255) ggggCTGGCAGCCGATCCTATCAAAGCGTACTTCAACGGCACCGCAGGCCAGAGCTTCGGCGTGTGGAACGCGGGCGGCGTGGAACTGTACCTGACCGGTGATGCCAACGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCGCAGCCATGAAGCAAGCATTATCGGCAACACC‑TGCCTGTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTC‑Ggcgtgc > 1:148523/1‑275 (MQ=255) gCTGGCAGCCGATCCTATCAAAGCGGCCTTCAACGGCACCGCAGGCCAGAGCGTCTGCGTGTGGAACGCGGGCGGCGTGGAACTGTACCTGACCGGTGATGCCAACGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCGCAGCCATGAAGCAAGCATTATCGGCAACACC‑TGCCTGTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTC‑GGCGTGCGTaa < 2:594148/276‑1 (MQ=255) cTGGCAGCCGATCCTATCAAAGCGTACTTCAACGGCACCGCAGGCCAGAGCTTCGGCGTGTGGAACGCGGGCGGCGTGGAACTGTACCTGACCGGTGATGCCAACGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCGCAGCCATGAAGCAAGCATTCTCGGCAACACC‑AGCCTGCATGCCGCGGACGGTGGGCGTCGGTATGCCGCAGGCCGCGCGGCGGAACGGTTCGGGCGTGGGTa > 4:171008/1‑275 (MQ=255) 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gCCGCGCGGGTGAACTTTTC‑GTCGTGCTTAACTCCGGTGCTATCACCGTGGTAGAAGGCATTGGCGACAACGGTTGTGAATATATGACGGGTGGTATCGTCTGCATTCTGGGTAAAACCGGCGTTAACTTCGGTGCGGGCATGACCGGCGGTTTCGCTTACGTTCTCGATGAAAGCGGCGATTTCCGCAAAC‑GCGTTAACCCGGAACTGGTCGAGGTCTTAAGCGTTGACGCTCTGGCGATCCATGAAGAGCATCTGCGTGGTCTTATCACCGAGc < 2:171008/276‑1 (MQ=255) gCCGCGCGGGTGAACGTTTC‑GGCGTGCGTAACTCCGGTGCTATCACCGTGGTAGAAGGCATTGGCGACAACGGTTGTGAATATATGACGGGTGGTATCGTCTGCATTCTGGGTAAAACCGGCGTTAACTTCGGTGCGGGCATGACCGGCGGTTTCGCTTACGTTCTCGATGAAAGCGGCGATTTCCGCAAAC‑GCGTTAACCCGGAACTGGTCGAGGTCTTAAGCGTTGACGCTCTGGCGATGCATGAAGAGCATATGAGTGGTCTTATAAACGAg > 2:400636/1‑275 (MQ=255) gCCGCGCGGGTGAACGTTTC‑GGCGTGCGTAACTCCGGTGCTATCACCGTGGTAGAAGGCATTGGCGACAACGGTTGTGAATATATGACGGGTGGTATCGTCTGCATTCTGGGTAAAACCGGCGTTAACTTCGGTGCGGGCATGACCGGCGGTTTCGCTTACGTTCTCGATGAAAGCGGCGATTTCCGCAAAC‑GCGTTAACCCGGAACTGGTCGAGGTCTTAAGCGTTGACGCTCTGGCGACCCCTGAAGCGCATCTGCGTTGTCTTaaccccca > 1:382402/1‑267 (MQ=255) | TATCGCCCAGACGCACGGCGATCAGGGGCTGGCAGCCGATCCTATCAAAGCGTACTTCAACGGCACCGCAGGCCAGAGCTTCGGCGTGTGGAACGCGGGCGGCGTGGAACTGTACCTGACCGGTGATGCCAACGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCGCAGCCATGAAGCAAGCATTATCGGCAACACC‑TGCCTGTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTC‑GGCGTGCGTAACTCCGGTGCTATCACCGTGGTAGAAGGCATTGGCGACAACGGTTGTGAATATATGACGGGTGGTATCGTCTGCATTCTGGGTAAAACCGGCGTTAACTTCGGTGCGGGCATGACCGGCGGTTTCGCTTACGTTCTCGATGAAAGCGGCGATTTCCGCAAAC‑GCGTTAACCCGGAACTGGTCGAGGTCTTAAGCGTTGACGCTCTGGCGATCCATGAAGAGCATCTGCGTGGTCTTATCACCGAGC > NC_000913/3358477‑3359024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |