| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 4374528 = | NA (NA) | noncoding (31/99 nt) | RIP329 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP329 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
TTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTGGGTTCG > NC_000913/4374381‑4374674 | cTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAg > 2:1948593/1‑149 (MQ=255) cTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAg < 3:1948851/149‑1 (MQ=255) tatataAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGt > 4:2307348/1‑149 (MQ=255) 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1:599151/1‑149 (MQ=255) ttgCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTgg < 4:222300/149‑1 (MQ=255) gCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCg > 3:485338/1‑149 (MQ=255) ttGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGc > 1:1315610/1‑87 (MQ=255) tGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCt < 2:2039623/149‑1 (MQ=255) gccggataaggcgtttacgctgcatccggcCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGAAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTg > 2:2113545‑M2/31‑149 (MQ=255) GCCGGATGCAGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTg < 3:190939‑M1/149‑1 (MQ=255) GCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTg > 2:90127‑M1/1‑149 (MQ=255) gataaggcgtttacgctgcatccggcCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGgaga > 4:1599219‑M2/27‑149 (MQ=255) TGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATc < 4:506034‑M1/149‑1 (MQ=255) aGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAg < 2:321523/149‑1 (MQ=255) gCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAgc < 3:821155/149‑1 (MQ=255) tAACCGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CGCGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAAGCAGTTACTGCCGGCGTAGCTGGAGATCCAgcggc < 2:2507179/149‑1 (MQ=255) tAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAGTG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAgcggc > 3:2411064/1‑149 (MQ=255) tAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGga > 4:1412548/1‑138 (MQ=255) tAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGga < 3:1412548/138‑1 (MQ=255) tAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAgcggc < 4:233834/149‑1 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAAt > 1:1287252/1‑93 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATACATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAGCTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCAGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGt < 2:933298/149‑1 (MQ=255) cTTATCCGGCCTACAGTTCATTTTAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGc < 2:1701499/149‑1 (MQ=255) ttATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCt > 3:2313661/1‑149 (MQ=255) ttATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCt < 3:31516/149‑1 (MQ=255) ccggcCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGACGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTGGGt < 3:2125581‑M2/144‑1 (MQ=255) gcCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTGGGTTCg > 1:69230‑M2/3‑149 (MQ=255) | TTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATG‑CACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTGGGTTCG > NC_000913/4374381‑4374674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |