| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,335,655 | T→A | 5.3% | intergenic (‑65/+39) | eptA ← / ← adiC | lipid A phosphoethanolamine transferase/arginine:agmatine antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,335,655 | 0 | T | A | 5.3% | 1162.2 / 37.4 | 338 | intergenic (‑65/+39) | eptA/adiC | lipid A phosphoethanolamine transferase/arginine:agmatine antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (143/177); new base A (10/8); total (153/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
CAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAA > NC_000913/4335507‑4335803 | aGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTc < 3:2389153/149‑1 (MQ=255) gCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCtt > 2:248528/1‑149 (MQ=255) aGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTaa < 3:82837/149‑1 (MQ=255) 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atatAAAAGGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCt > 1:1132658/1‑149 (MQ=255) aaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCtttt > 2:139633/1‑146 (MQ=255) aaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGt > 3:1799415/1‑149 (MQ=255) aGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGtt < 3:515356/149‑1 (MQ=255) gCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGttt < 4:237390/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |