| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,309,012 | A→G | 15.4% | intergenic (‑88/+21) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation/polynucleotide phosphorylase/polyadenylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,309,012 | 0 | A | G | 15.4% | 431.1 / 63.7 | 186 | intergenic (‑88/+21) | nlpI/pnp | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation/polynucleotide phosphorylase/polyadenylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (77/80); new base G (19/10); total (96/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
GGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCA > NC_000913/3308917‑3309109 | ggCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCgg > 1:2857129/1‑100 (MQ=255)ggCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCgg < 1:3259258/100‑1 (MQ=255) gCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGa > 2:1519485/1‑100 (MQ=255) ttCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAgg < 1:2846129/100‑1 (MQ=255) tCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCGAACAAGGCGTTCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAg < 2:1858482/98‑1 (MQ=255) aTTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCTCCGCTGCGGCGGGGGGct < 2:1139138/100‑2 (MQ=255) aTTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCTCCGCTGCGGCGGGGGGct < 1:963375/100‑2 (MQ=255) aTTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCTCCGCTGCGGCGGGGGGct < 1:517925/100‑2 (MQ=255) tttCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCTCCGCTGCGGCGGGGGGctt < 2:2881177/100‑3 (MQ=255) cccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATg < 2:1670969/100‑1 (MQ=255) cccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATg < 1:3830378/100‑1 (MQ=255) ccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATgg < 1:864906/100‑1 (MQ=255) cACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGc > 1:470255/1‑100 (MQ=255) cTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCaa > 2:2952072/1‑100 (MQ=255) tCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAc < 1:2829134/100‑1 (MQ=255) tCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAc < 2:2583237/100‑1 (MQ=255) tCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAc > 2:3763841/1‑100 (MQ=255) cccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAcc > 1:3322268/1‑100 (MQ=255) cccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAcc > 2:2074527/1‑100 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCt < 2:1352525/100‑1 (MQ=255) aCGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGccc < 1:1048381/100‑1 (MQ=255) aCGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGccc < 1:1373472/100‑1 (MQ=255) aCGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGccc > 1:103777/1‑100 (MQ=255) ggTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTg > 1:2579708/1‑100 (MQ=255) gTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑t > 1:2274344/1‑100 (MQ=255) ttGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAACG‑CCTCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑tt < 2:2704435/100‑1 (MQ=255) tgaatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGGTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTc > 2:3904719/1‑100 (MQ=255) gaatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTca < 2:2242894/100‑1 (MQ=255) gaatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTca < 2:2432/100‑1 (MQ=255) gaatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTca < 2:470981/100‑1 (MQ=255) gaatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTca > 1:3244774/1‑100 (MQ=255) aatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTcag > 1:2918842/1‑100 (MQ=255) atgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTcagc < 2:778806/100‑1 (MQ=255) atgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTcagc < 1:1691181/100‑1 (MQ=255) atgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTcagc > 1:274730/1‑100 (MQ=255) tgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTcagca > 1:249743/1‑100 (MQ=255) gaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTcagcag < 1:317982/100‑1 (MQ=255) tCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCggg > 2:3680937/1‑99 (MQ=255) ccTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGa < 1:1214512/99‑1 (MQ=255) ccTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAg < 2:1366637/100‑1 (MQ=255) agctccGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGc < 1:3614257/94‑1 (MQ=255) tCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTcc < 1:2028445/100‑1 (MQ=255) 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gCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtgctgc < 1:3717797/100‑1 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgca > 2:3048628/1‑100 (MQ=255) aaCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcagc < 1:807927/100‑1 (MQ=255) aCAGGGCGTCCTGCCGGGTTAAAAG‑CCCCCCGTCGCAGCGGAGGGGAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCACCGGAAGCTCCGGctgctgaacag < 2:3320881/100‑6 (MQ=21) aCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcagca < 1:2858779/100‑1 (MQ=255) aCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcagca > 2:156757/1‑100 (MQ=255) cAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAT‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCACCCTTACTCGCCCTGCTGCAGCACCGGAAGCTCCGGctgctgaacag < 2:526456/100‑6 (MQ=16) 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ccGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTc > 1:2072001/1‑100 (MQ=255) ccGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTc > 1:86904/1‑100 (MQ=255) ccGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTc > 1:3587257/1‑100 (MQ=255) ccGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTc > 2:658785/1‑100 (MQ=255) cGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCa < 1:2647471/100‑1 (MQ=255) gcaatttg‑CCCTCCGCTGCGGCGGGGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGATTCCGGTGCTGCAGCAAGTTGAGACTGCTCAg > 2:642148/8‑99 (MQ=37) tAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCg > 2:930086/1‑100 (MQ=255) 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gcAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCa < 2:133044/100‑1 (MQ=255) gcAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCa < 1:318907/100‑1 (MQ=255) | GGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTG‑TTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCA > NC_000913/3308917‑3309109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |