| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,764,701 | G→A | 15.7% | intergenic (‑315/+233) | sufA ← / ← ydiH | Fe‑S cluster assembly protein/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,701 | 0 | G | A | 15.7% | 385.4 / 53.9 | 158 | intergenic (‑315/+233) | sufA/ydiH | Fe‑S cluster assembly protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/56); new base A (12/13); total (89/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCG > NC_000913/1764603‑1764800 | tgaAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGc < 1:735899/100‑1 (MQ=255) gaaaaagaaaaaGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCt < 1:1927070/100‑1 (MQ=255) gaaaaagaaaaaGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGT‑AAAAAGTGCAGCGTTAAGAAATAAAAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCt > 2:1192644/1‑99 (MQ=255) aaaaagaaaaagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCtt > 2:1325751/1‑100 (MQ=255) aaaaagaaaaagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCt < 2:364492/99‑1 (MQ=255) aaaagaaaaagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTa > 1:1067264/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |