| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,009,731 | A→G | 15.5% | intergenic (+19/‑90) | yedF → / → yedK | putative TusA family sulfurtransferase/DUF159 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,009,731 | 0 | A | G | 15.5% | 276.6 / 43.1 | 123 | intergenic (+19/‑90) | yedF/yedK | putative TusA family sulfurtransferase/DUF159 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/53); new base G (6/13); total (57/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GGATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGA > NC_000913/2009634‑2009829 | ggATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGAcc > 1:672855/1‑100 (MQ=255)ggATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGAcc > 1:1745949/1‑100 (MQ=255)ggATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGAcc > 1:3915447/1‑100 (MQ=255)ggATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACAGTCCTACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGAcc < 2:619777/100‑1 (MQ=255) aTGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCca < 1:3110137/100‑1 (MQ=255) tGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCcac < 1:451111/100‑1 (MQ=255) 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> 1:900246/1‑100 (MQ=255) aaTCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGa < 2:3463850/100‑1 (MQ=255) aTCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGGGTCACAGCggg < 2:1327194/98‑1 (MQ=255) aTCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGGGTCACAGCGGGaa < 2:1327044/100‑1 (MQ=255) tCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAAc < 1:796765/100‑1 (MQ=255) cACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAAc < 2:3807794/99‑1 (MQ=255) cACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACa > 2:796761/1‑100 (MQ=255) ggCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCg < 2:389789/100‑1 (MQ=255) 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cGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CATCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCtt > 1:952802/1‑100 (MQ=255) gTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTAACttt > 2:3636105/1‑99 (MQ=255) gCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGATATTTAATTAAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTa > 2:1686502/1‑100 (MQ=255) cTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTAt < 2:2901088/100‑1 (MQ=255) tGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTa < 2:3697557/98‑1 (MQ=255) tGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATc < 2:2569755/100‑1 (MQ=255) gATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATcac < 1:2442726/100‑1 (MQ=255) gATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATcac < 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1:233115/1‑100 (MQ=255) acGCTGTGACCCACAGCGGCAACATCGTTACCTTTGTATGACATAGATTTTACCCGCGCCCACTCCTATGCTGTTCAGTATGATCTCaggagggtact > 2:90160/2‑93 (MQ=255) tgACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTgg < 2:338274/100‑1 (MQ=255) tgACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCATATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTgg < 2:1828871/100‑1 (MQ=255) gACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTAtagatctg > 1:2693797/1‑93 (MQ=255) gACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGa < 2:832112/100‑1 (MQ=255) | GGATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGA > NC_000913/2009634‑2009829 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |