| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,009,732 | C→G | 16.7% | intergenic (+20/‑89) | yedF → / → yedK | putative TusA family sulfurtransferase/DUF159 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,009,732 | 0 | C | G | 16.7% | 301.7 / 52.8 | 119 | intergenic (+20/‑89) | yedF/yedK | putative TusA family sulfurtransferase/DUF159 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/52); new base G (7/13); total (54/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GGATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACG > NC_000913/2009634‑2009831 | ggATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGAcc > 1:672855/1‑100 (MQ=255)ggATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGAcc > 1:3915447/1‑100 (MQ=255)ggATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGAcc > 1:1745949/1‑100 (MQ=255)ggATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACAGTCCTACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGAcc < 2:619777/100‑1 (MQ=255) cgcgTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAg > 1:3299169/1‑100 (MQ=255) cgcgTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAg > 2:3247936/1‑100 (MQ=255) cgTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCg < 1:1273315/100‑1 (MQ=255) cgTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCg > 1:2159274/1‑100 (MQ=255) tAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGGGTCACAGCggg < 1:1123869/100‑1 (MQ=255) tAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGGGTCACAGCggg < 2:1354151/100‑1 (MQ=255) tAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGGGTCACAGCggg < 1:241969/100‑1 (MQ=255) tAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGGGTCACAGCggg < 1:241849/100‑1 (MQ=255) tAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGGGTCACAGCggg < 1:2026830/100‑1 (MQ=255) tAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGGGTCACAGCggg < 1:128691/100‑1 (MQ=255) tAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCggg > 1:3094325/1‑100 (MQ=255) aaTCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGGGTCACAGCGGGa < 2:653320/100‑1 (MQ=255) aaTCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGGGTCACAGCGGGa < 1:2106238/100‑1 (MQ=255) aaTCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGGGTCACAGCGGGa < 1:1577062/100‑1 (MQ=255) aaTCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGa > 1:900246/1‑100 (MQ=255) aTCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGGGTCACAGCGGGaa < 2:1327044/100‑1 (MQ=255) aTCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGaa > 1:1834169/1‑100 (MQ=255) tCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAAc < 1:796765/100‑1 (MQ=255) cACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACa > 2:796761/1‑100 (MQ=255) ggCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCg < 2:389789/100‑1 (MQ=255) gCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGt < 1:2861705/100‑1 (MQ=255) gCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGt < 1:1343376/100‑1 (MQ=255) cTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑GCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGtt > 2:2227025/1‑100 (MQ=255) tataCGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTa > 2:3235665/1‑100 (MQ=255) tataCGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTa < 1:3530695/100‑1 (MQ=255) ataCGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTAc > 1:1197248/1‑100 (MQ=255) cgtcttGCTGAATATCCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTAcc > 1:2718099/6‑100 (MQ=255) gtcttGCTGAATATCCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCt > 2:1048976/5‑100 (MQ=255) cGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCtt > 2:539725/1‑100 (MQ=255) gTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTAACttt > 2:3636105/1‑99 (MQ=255) 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< 2:1110290/100‑1 (MQ=255) tatTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACAt < 2:3419983/100‑1 (MQ=255) atTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATa < 1:1623284/100‑1 (MQ=255) ttCAGCAAGAGGGGCCGACCATTCGTTATTTACTTCAGGAGAAAGCGCCTCA‑TAACGGTGTGAGCCACAGCGGGGACAGCGGTACCCTTGGATcagagag > 2:3326855/1‑95 (MQ=255) ttCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAg > 2:2958180/1‑100 (MQ=255) ttCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAg > 2:1299964/1‑100 (MQ=255) tCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGa < 2:900241/100‑1 (MQ=255) aGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGa > 2:1274534/1‑98 (MQ=255) 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1:2184063/1‑100 (MQ=255) ttATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTc < 2:514230/100‑1 (MQ=255) tATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCt < 2:3473225/100‑1 (MQ=255) tttAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCttt < 1:581068/100‑1 (MQ=255) tAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTAGTCTTTTc < 1:2063459/100‑1 (MQ=255) aTTCAGAAGTATTT‑CCTCATTCTCGCTGTGACTCTCAGTGGGAAGATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAg < 2:18853/100‑1 (MQ=255) cAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTAt > 1:3176214/1‑100 (MQ=255) aGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCTCTCCTATTCTTTTCAGTATg < 2:1868695/100‑1 (MQ=255) 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> 2:142082/9‑100 (MQ=37) c‑ccTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCagga > 1:938865/1‑100 (MQ=255) c‑ccTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCagga > 1:1955123/1‑100 (MQ=255) ccTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCTGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCaggag > 1:1564381/1‑100 (MQ=255) ccTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCaggag < 1:3098032/100‑1 (MQ=255) ccTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCaggag < 2:2138298/100‑1 (MQ=255) gatgttCCCGCTGTGGGTCACAGCGGGAACATCGTTACGTTTGTATCACATAGATTTTAAACGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATATCagga > 2:644831/5‑98 (MQ=37) tCCCGCTGTGGGTCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCt > 2:3063121/1‑100 (MQ=255) 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2:107069/1‑100 (MQ=255) ccgatctgACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTAt < 2:2693780/94‑1 (MQ=255) ccGCTGTGGGTCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTAt > 1:233115/1‑100 (MQ=255) acGCTGTGACCCACAGCGGCAACATCGTTACCTTTGTATGACATAGATTTTACCCGCGCCCACTCCTATGCTGTTCAGTATGATCTCaggagggtact > 2:90160/2‑93 (MQ=255) tgACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTgg < 2:338274/100‑1 (MQ=255) gACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGa < 2:832112/100‑1 (MQ=255) cccACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACg < 2:1078713/100‑1 (MQ=255) | GGATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACG > NC_000913/2009634‑2009831 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |