| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,296,381:1 | +GC | 100% | intergenic (+587/+55) | gltP → / ← yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,296,380 | 1 | . | C | 97.5% | 225.0 / 0.3 | 79 | intergenic (+586/+56) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (37/39); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,296,380 | 2 | . | G | 97.5% | 231.6 / 0.5 | 79 | intergenic (+586/+56) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base G (37/39); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
AGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑A‑‑CCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACC > NC_000913/4296339‑4296470 || gccccattttAGCCTAATTTGGCGGTTCGCATAAGCCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTAT‑AGGCCTATCt < 1:4360993/92‑1 (MQ=2) tgcttcggCGTGATTTTGTAGGCCGGATACGCCCTTAC‑‑G‑‑CCGCACCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAc < 1:3197593/92‑1 (MQ=11) tGATTTAGCGTTATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCACCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAc < 2:3108186/100‑1 (MQ=1) tGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAc < 2:736459/100‑1 (MQ=0) tGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAc < 1:2406577/100‑1 (MQ=0) tGATCTAGCGTGATTTTTTAGGTCGGACAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCACCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAc < 1:1608965/100‑1 (MQ=1) gATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAcc < 2:2957127/100‑1 (MQ=255) gATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAcc < 2:2663322/100‑1 (MQ=255) gATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAcc > 1:2918475/1‑100 (MQ=255) gATTTAGCGTGATATTGTAGGTCGGATAAGGAGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAcc > 2:2965471/1‑100 (MQ=11) tttCGCGGGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAcc < 1:1134043/98‑1 (MQ=11) ttAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGtt < 1:4048926/100‑1 (MQ=255) ttAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGtt < 1:3273416/100‑1 (MQ=255) tAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTg > 2:2203365/1‑100 (MQ=255) tAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTg > 2:723089/1‑100 (MQ=255) tAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTg > 1:1359280/1‑100 (MQ=255) tAGCGCGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTg < 1:528340/100‑1 (MQ=11) aGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTgg > 2:3601628/1‑100 (MQ=255) aGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTgg < 1:273619/100‑1 (MQ=255) gCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGt > 1:1891620/1‑100 (MQ=255) gCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGt > 2:386977/1‑100 (MQ=255) gCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGt > 2:774196/1‑100 (MQ=255) gCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGt > 1:4208013/1‑100 (MQ=255) cGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGtt > 1:1618691/1‑100 (MQ=255) cGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGACTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGtt > 1:3422663/1‑100 (MQ=14) gttaTTTTGTATGTCGGATACGGCGTT‑T‑‑ACGCCTCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGt < 1:434495/95‑1 (MQ=14) gTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTa > 1:4133369/1‑100 (MQ=255) gTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTa > 1:1253636/1‑100 (MQ=255) gTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTa > 2:103055/1‑100 (MQ=255) tGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTaa > 1:391498/1‑100 (MQ=255) naTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAt > 2:2357365/2‑100 (MQ=14) aTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAtt > 2:151939/1‑100 (MQ=255) aTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAt < 1:3747673/99‑1 (MQ=255) aTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTATTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGGTAAtt > 1:4176725/1‑100 (MQ=14) aTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAt > 1:771278/1‑99 (MQ=11) ttttGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAttt < 1:1608490/100‑1 (MQ=255) ttttGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAttt > 2:2803199/1‑100 (MQ=255) ttttGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAttt < 1:2003096/100‑1 (MQ=255) tttGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAtttt > 2:2133758/1‑100 (MQ=255) ttGTAGGTCGGGTAAGGCGTT‑TCCG‑‑CCGCATCAGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCAACGGTTaagatag < 2:10786/100‑6 (MQ=11) ttGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTACttttt > 1:766033/1‑100 (MQ=14) ttGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCAACGGTTaagatag < 1:3590958/100‑6 (MQ=11) tctatgTCGGATAAGGCGTA‑T‑‑ACGCCTCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAttttt < 1:2077468/94‑1 (MQ=14) tGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTc < 1:1843180/100‑1 (MQ=255) tGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTc < 2:2438907/100‑1 (MQ=255) tGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTc < 1:3281726/100‑1 (MQ=255) tGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTc < 1:345648/100‑1 (MQ=255) tGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTc < 2:1359285/100‑1 (MQ=255) tGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTc < 2:1430706/100‑1 (MQ=255) tGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTc < 2:771280/100‑1 (MQ=255) tGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTc < 1:35474/100‑1 (MQ=255) gTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACTCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCa < 1:4187353/100‑1 (MQ=255) gTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCa < 1:506412/100‑1 (MQ=255) gTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCa < 2:2333175/100‑1 (MQ=255) gTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCa < 2:1801640/100‑1 (MQ=255) tAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaa < 2:1125692/100‑1 (MQ=255) aGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaaa > 2:3887660/1‑100 (MQ=255) aGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaaa > 1:403640/1‑100 (MQ=255) ggTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGATGCTTGCCGCGTCTTCTCAGGCCCATCTTAACCGTGGGTTAATTTTTCAAAc > 1:2885708/1‑100 (MQ=17) ggTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAAc < 2:124311/100‑1 (MQ=255) ggTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAAc < 2:713141/100‑1 (MQ=255) gTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGCTGGTTAATTTTTCAAAct > 1:327588/1‑100 (MQ=17) tCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ATGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAActc < 2:1025051/100‑1 (MQ=255) tCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAAc < 1:674276/98‑1 (MQ=255) tCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGCTAATTTTTCAAActc > 1:740772/1‑100 (MQ=17) cGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAActct < 2:2637559/100‑1 (MQ=255) ggATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTACTTTTTCAAACTCtt > 1:1815310/1‑100 (MQ=17) ggATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCtt > 2:1806037/1‑100 (MQ=255) ggATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCtt > 2:943196/1‑100 (MQ=255) gATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTc > 2:2227377/1‑100 (MQ=255) gATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTc < 2:2190972/100‑1 (MQ=255) gATAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTc < 1:441865/100‑1 (MQ=255) tAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTcac < 2:857005/100‑1 (MQ=255) tAAGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCATATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTcac > 2:3088608/1‑100 (MQ=18) aGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCacac > 2:386981/1‑100 (MQ=255) aGGCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCacac > 1:910781/1‑100 (MQ=255) ggCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCTAACTCTTCacac > 1:3628279/1‑99 (MQ=18) ggCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACAcc < 1:4341569/100‑1 (MQ=255) ggCGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACAcc > 2:890428/1‑100 (MQ=255) || AGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑A‑‑CCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACC > NC_000913/4296339‑4296470 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |