| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,335,655 | T→A | 16.7% | intergenic (‑65/+39) | eptA ← / ← adiC | lipid A phosphoethanolamine transferase/arginine:agmatine antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,335,655 | 0 | T | A | 16.7% | 506.7 / 81.6 | 207 | intergenic (‑65/+39) | eptA/adiC | lipid A phosphoethanolamine transferase/arginine:agmatine antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (78/94); new base A (18/17); total (96/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
TTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTC > NC_000913/4335556‑4335754 | ttCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGtt > 1:2504408/1‑100 (MQ=255) tCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTc > 2:2505629/1‑100 (MQ=255) aaGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTa > 1:2610831/1‑100 (MQ=255) gggTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGt < 2:2171251/100‑1 (MQ=255) ggagcTTTGTAGGAGTCGCTTCAACATCACTGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAgg < 2:3672745/95‑1 (MQ=255) ggTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGtt < 2:1260420/100‑1 (MQ=255) gTCTTTTTATTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGTATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTg < 1:1458464/100‑1 (MQ=255) gTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTg > 1:3220055/1‑100 (MQ=255) tCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTgg < 1:58224/100‑1 (MQ=255) cTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGc > 2:28384/1‑100 (MQ=255) cTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGc < 2:3178159/100‑1 (MQ=255) tttttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAACATAAAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTgg < 2:3878418/100‑1 (MQ=25) tttttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCt > 1:4018937/1‑100 (MQ=255) tttttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGCt < 2:2451248/100‑1 (MQ=255) tttttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGCt < 2:3995123/100‑1 (MQ=255) tttttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGCt < 2:3804434/100‑1 (MQ=255) ttttAGTAGGCGCTTCAACATCCCGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGc < 1:1173973/98‑1 (MQ=255) ttttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGCACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCtt > 1:2344050/1‑100 (MQ=255) ttttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAACATAAAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGc < 2:286794/100‑1 (MQ=25) ttttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCtt > 2:4078896/1‑100 (MQ=255) tttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGGGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGCtt < 1:3591735/99‑1 (MQ=38) tagtagGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTa < 2:3146999/100‑1 (MQ=255) tagtagGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTa < 2:2415523/100‑1 (MQ=255) tagtagGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTa > 1:1778782/1‑100 (MQ=255) agtagGCGCTTCAACATCAAGGAGTTTACATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAATCAAA‑AT‑TAAGCAAACCTTAAGTACTTAAGGTTGGCTTTTAt > 1:4251684/1‑100 (MQ=255) gtagGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATg > 2:2356270/1‑100 (MQ=255) gtagGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATg > 1:1495852/1‑100 (MQ=255) gtagGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATg < 2:81821/100‑1 (MQ=255) gtagGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATg < 1:2231232/100‑1 (MQ=255) ggCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATAAGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCCTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGtt > 1:1212564/1‑99 (MQ=255) gcTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCt < 2:1714150/100‑1 (MQ=255) ttCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTgg < 2:294569/100‑1 (MQ=255) tCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGa > 1:280281/1‑100 (MQ=255) aTCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAg > 1:2064386/1‑100 (MQ=255) tCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTTAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAgg < 1:2890809/100‑1 (MQ=255) tCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAgg < 2:2125616/100‑1 (MQ=255) aCGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAgggg < 2:1615318/100‑1 (MQ=255) ggTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGaa < 1:630094/100‑1 (MQ=255) gtgtTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAAt < 2:4007376/100‑1 (MQ=255) gtgtTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAAt > 2:3451540/1‑100 (MQ=255) gtgtTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAAt < 1:2237471/100‑1 (MQ=255) tttCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCACCCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTaa < 1:456299/100‑1 (MQ=255) tttCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTaa > 1:3333719/1‑100 (MQ=255) ccATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCt > 2:2270010/1‑100 (MQ=255) aTCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCttt > 1:2742237/1‑100 (MQ=255) aTCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCttt > 1:3870762/1‑100 (MQ=255) tCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTg < 2:1284420/100‑1 (MQ=255) cGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGc < 1:476816/100‑1 (MQ=255) 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cATATGCTCGAAAACCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATc < 1:3001992/100‑1 (MQ=255) tGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAg > 2:1318021/1‑100 (MQ=255) tGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAg > 2:1078258/1‑100 (MQ=255) cTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAggg < 2:3405151/100‑1 (MQ=255) cTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAggg > 2:3346799/1‑100 (MQ=255) cTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAggg > 2:1826068/1‑100 (MQ=255) caaagcaaa‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATAc > 2:1015129/1‑100 (MQ=255) aaatcaaa‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATTTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATAc < 1:4364633/99‑1 (MQ=255) aaagcaaa‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACg < 2:4237877/100‑1 (MQ=255) aagcaaa‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACgg > 1:1112168/1‑100 (MQ=255) agcaaa‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACggg < 1:761862/100‑1 (MQ=255) aa‑aT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGtttt < 2:2639697/100‑1 (MQ=255) aa‑aT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGtttt < 1:1216264/100‑1 (MQ=255) a‑aT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGttttt < 1:3646659/100‑1 (MQ=255) 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cAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGC‑TTAAT‑TTTGCTGGCTTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCgg > 2:3328702/1‑100 (MQ=25) agccTTAAGTTCTAAAGGTTGGCTTTTATGTATGCTGGATTACGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCg > 2:2967091/3‑100 (MQ=255) aCCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCgg < 1:3461295/100‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGt < 2:4301383/100‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGt < 2:339572/100‑1 (MQ=255) cTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGtt > 1:101334/1‑100 (MQ=255) ttAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTg < 1:1562687/100‑1 (MQ=255) tAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGt > 2:692082/1‑100 (MQ=255) aGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAATGCGAAGTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAATGGATACGGGTTTTTATGTAGCTGGTTGTaa > 1:1347407/1‑100 (MQ=255) | TTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTC > NC_000913/4335556‑4335754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |